DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
41986 O=C1C=C(c2[nH]c(=O)c3cccc4c3c2CC=C4)CC(S(=O)(=O)N2CCCCC2)=C1 Pocket2Mol 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41987 C=C(C)C(C)CC1=CC(Oc2ccc(C)c(-c3cccc4cc(OC)ccc34)c2)C(O)C1 Pocket2Mol 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41988 C=C1C=C(S(=O)(=O)N2Cc3cccc(CCCC)c3C2)CC(c2[nH]c(=O)c3cccc4c3c2C(O)=CC4=O)=C1O Pocket2Mol 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41989 Cc1ccccc1CC1Cc2cccc3c2C(C1)C1OC(CCc2cccnc2)CCN1C3=O Pocket2Mol 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41990 O=C1C=CC=CC1=C1CCN(S(=O)(=O)C2=CCC(F)=C(c3[nH]c(=O)c4cccc5c4c3C(O)=CC5=O)C2)C1 Pocket2Mol 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41991 COC1=CC(=C2CCN(S(=O)(=O)C3=C(F)CC4=C(C3)c3[nH]c(=O)c5cccc6c5c3C(=CC6=O)OC4)C2)C=CC1 Pocket2Mol 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41992 CC1=CCC2CN(S(=O)(=O)C3=C(O)CC4=C(C3)c3[nH]c(=O)c5ccc(O)c6c5c3C(=CC6=O)CC4)CCC2CC1 Pocket2Mol 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41993 CO[C@@H]1[C@H](Oc2ccc(C)c(C(C)=C3C=CC(=NO)C(=O)C3)c2)CC2=C3C=CC=C(C)[C@H]3CC[C@H]21 Pocket2Mol 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41994 Cc1ccc2ccnc3c2c1CC=C3Nc1cccc2c1Cc1ccccc1O2 Pocket2Mol 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41995 CC1=NC(=O)c2cccc3c(=O)[nH]c(C4=CC(=O)C=C(S(=O)(=O)N5CCCCC5)C4)c1c23 Pocket2Mol 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41996 O=C1C=CC2=C(C3=Cc4cc(O)cc5ccc(O)c(c45)C3=O)NC(O)c3cccc1c32 Pocket2Mol 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41997 COC1=C(Oc2ccccc2C)CC(c2[nH]c(=O)c3ccccc3c2C)=CC1=CO Pocket2Mol 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41998 COC=CC(COC)=C1CCN(S(=O)(=O)C2=C(O)CC(F)=C(c3[nH]c(=O)c4cccc5c4c3C(O)=CC5=O)C2)C1 Pocket2Mol 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
41999 Cc1ccc2ccnc3c2c1CC=C3Nc1cccc2oc3cc(O)ccc3c(=O)c12 Pocket2Mol 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
42000 CCOC1CC(c2cccc(C)c2)=CC1Oc1ccc(C)c(C2=C3C=CC(OC)=CC3C=C2)c1 Pocket2Mol 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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