Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
42016	O=c1c2c(cc3n1CCC=C3)=NCC=2	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42017	CC1=CC(C)C=C2C1=NC(=O)c1[nH]c(-c3cc(C)cc(C=Cc4cccc5ccccc45)c3O)cc12	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42018	Cc1ccccc1CC=Cc1ccccc1N[C@H]1CCc2cccc3c2C1=NC(=O)C3	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42019	Cc1ccc(NCc2c(F)ccc3ccccc23)cc1	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42020	O=C1N=C2c3c(O)cccc3C(=O)C(=O)N2CN1	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42021	CC=C1C=C(c2[nH]c(=O)c3ccc(O)c4c3c2C(C)=CC4=O)CC(S(=O)(=O)NCc2cnn(C)c2)=C1	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42022	CO[C@H]1CC(=C2C=C(C)C=CC2)C[C@H]1Oc1ccc(C)c(-c2ccc(C)c3ccccc23)c1	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42023	COC1=CC(=C2CCN(S(=O)(=O)C3=CC(=O)C(O)=C(c4[nH]c(=O)c5cccc6c5c4C(O)=CC6=O)C3)C2)CC=C1	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42024	O=C1C=C(CO)C(=O)c2ccc(Oc3cccc(-c4ccccc4)c3)cc21	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42025	O=C1C=C2CCCC3=C2C(=N1)C(Nc1cccc2oc4cc(O)ccc4c(=O)c12)=CC3	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42026	O=c1cnc2c(F)cc(Oc3c4c(cc5cc(O)ccc35)[C@H](C=CCCc3ccsc3)CO4)c3c2n1CCC3	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42027	N=C(c1ccc(N)cc1)C1Cc2cccc3c2C(C1)C1OC(CCc2ccc4ccccc4c2)CCN1C3	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42028	O=C1C=C(c2[nH]c(=O)c3cccc4c3c2C(O)=CC4=O)CC(S(=O)(=O)N2CCC(=C3/C=C\O/C=C\COC3)C2)=C1	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42029	COc1ccc2c(c1)OCN(S(=O)(=O)C1=CC(=O)C=C(c3[nH]c(=O)c4ccc5ccc(O)c6c5c4c3CC6)C1)C2	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42030	O=C1C=C(c2[nH]c(=O)c3ccc4cccc5c4c3c2CC5)CC(S(=O)(=O)N2COc3cc(Cl)ccc3C2)=C1	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

42016 to 42030 of 73725 items. Total 4915 pages.