Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
42031	CC=C1C=C(c2[nH]c(=O)c3ccc(O)c4c3c2C(C)=CC4=O)CC(S(=O)(=O)NCc2c(C)ccnc2C)=C1	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42032	COc1cccc2c1CCN(S(=O)(=O)C1=CC(=O)C=C(c3[nH]c(=O)c4ccc5ccnc6c5c4c3CC6)C1)C2	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42033	C=C1C=C(c2[nH]c(=O)c3cccc4c3c2C(O)=CC4=O)CC(S(=O)(=O)N2CCC(=C(C)COC)C2)=C1	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42034	Cc1cc(C=Cc2cccc3nc4ccccc4cc23)c(O)c(-c2cc3c([nH]2)C(=O)N=C2C3=CC=C[C@H]2C)c1	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42035	CC1=CCC2CN(S(=O)(=O)C3=C(O)CC4=C(C3)c3[nH]c(=O)c5ccc(O)c6c5c3C(=CC6=O)CC4)CCC2=CC1	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42036	Cc1ccc(O)c2c([C@@H]3Cc4cccc5c4[C@H](C3)[C@H]3O[C@H]4CCC(=C6C=CC=C6)C[C@@H](C4)N3C5=O)cccc12	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42037	CC=C1C=C(c2[nH]c(=O)c3ccc(O)c4c3c2C(C)=CC4=O)CC(S(=O)(=O)NCc2ccc(Cl)cc2)=C1	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42038	O=C1C=C2OCC3=C(CC(S(=O)(=O)N4CCC(=C5C=C(F)CC(F)=C5)C4)=C(F)C3)c3[nH]c(=O)c4cccc1c4c32	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42039	CC1=CC(=O)c2cccc3c(=O)[nH]c(C4=C(F)CC(F)=C(S(=O)(=O)N5CCC=C(c6ccccc6)CC5)C4)c1c23	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42040	CC=C1C=C(c2[nH]c(=O)c3cccc4c3c2CC=C4)CC(S(=O)(=O)N2CCC3=CC(=C4C=CC=CC4)C=C3C2)=C1	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42041	CC=c1ccc2ccc3nccc3cc12	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42042	CC=CC(COC)=C1CCN(S(=O)(=O)C2=C(O)CC(F)=C(c3[nH]c(=O)c4cccc5c4c3C(O)=CC5=O)C2)C1	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42043	COc1ccc2c(c1O)CCN(S(=O)(=O)C1=CC(=O)C=C(c3[nH]c(=O)c4ccc5ccnc6c5c4c3CC6)C1)C2	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42044	O=C1NCC2=C3C1=NCC1=CCC(C=C2)C13	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42045	Cc1ccn2ncc(-c3cccc(OC4CCC(c5ccccc5)=NN4)c3)c2c1	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

42031 to 42045 of 73725 items. Total 4915 pages.