Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
42061	C[C@H]1C=C(c2[nH]c(=O)c3cccc4c3c2C(O)=CC4=O)CC(S(=O)(=O)N2CCC(=C3C=CC(=O)CC3)C2)=C1F	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42062	c1cc2ccc3ccc4nccc4c(c1)c23	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42063	Cc1c(F)cc(O)cc1CC1Cc2cccc3c2C(C1)C1OC(CCc2ccccc2)CCN1C3=O	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42064	CO[C@H]1CC(=C2C=C(C)C=CC2)C[C@H]1Oc1ccc(C)c(-c2cccc3ccccc23)c1	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42065	O=C(O)C1=CCC(=O)C([C@@H]2Cc3cccc4c3[C@H](C2)[C@H]2O[C@H]3CCC(=C5C=C(O)C(O)=CC5)CC(C3)N2C4=O)=C1	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42066	COC1=CC(=C2CCN(S(=O)(=O)C3=CCC(F)=C(c4[nH]c(=O)c5cccc6c5c4C(O)=CC6=O)C3)C2)C=CC1=O	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42067	O=C1NCN2C(O)=Cc3ccc(O)c4c3C2C1=CO4	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42068	CO[C@H]1CC(=C2C=C(C)C=C[C@@H]2O)C[C@H]1Oc1ccc(C)c(-c2ccc(C)c3ccccc23)c1	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42069	C=C1C=C(c2[nH]c(=O)c3cccc4c3c2C(C)=CC4=O)CC(S(=O)(=O)N2CCCC2)=C1	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42070	O=C1N=C2CCC3=C(CC(S(=O)(=O)NCc4ccccc4F)=C(F)C3)c3[nH]c(=O)c4cccc1c4c32	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42071	CCCCC1=CC(Oc2ccc(C)c(-c3cccc4cc(OC)ccc34)c2)C(O)C1	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42072	CC1=CC2=C([C@@H]3Cc4cccc5c4[C@H](C3)[C@H]3O[C@H]4CCC(=C6C=CSC6)C[C@@H](C4)N3C5=O)C(=O)C=CC2=C[C@@H]1N	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42073	CC1=CC(=O)c2cccc3c(=O)[nH]c(C4=CC(=O)C=C(S(=O)(=O)N5CCCCC5)C4)c1c23	Pocket2Mol	4TOS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42074	O=C1C=C(c2[nH]c(=O)c3cccc4c3c2C(O)=CC4=O)CC(S(=O)(=O)N2CCC(=C3CCCCC3=O)C2)=C1F	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
42075	COCC1CCCN(S(=O)(=O)C2=C(O)CC3=C(C2)c2[nH]c(=O)c4ccc(O)c5c4c2C(=CC5=O)CC3)C1	Pocket2Mol	4TOS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

42061 to 42075 of 73725 items. Total 4915 pages.