DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
43576 Cn1cc(O)cc(O)c1=O Pocket2Mol 6JBE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43577 O=c1cc2c3c4c(nc3nc3n2c2c(cccc12)C3)C1N=CN=C1CC=4 Pocket2Mol 5E1S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43578 O=C1C=C2C(=NC3=C2CN2C(=N3)C=Cc3cncc(C(=O)O)c32)C2N=CN=C12 Pocket2Mol 5E1S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43579 CC1=NC2C(=N1)C(=O)C=C1C2=NC2=C1CN1C(=N2)Cc2cccc(C(=O)O)c21 Pocket2Mol 5E1S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43580 CC1(C)Cc2nc3c(c(=O)n2C1)C1=C(N)CC(F)=C(F)C1=N3 Pocket2Mol 5E1S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43581 CCCOS(N)(=O)=O Pocket2Mol 6G5L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43582 Cc1nc(C)c2cc3c(C(=O)O)scc3cc2n1 Pocket2Mol 6G5L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43583 CC1=NC2=Nc3cccc4csc(c34)C(=O)N2C1 Pocket2Mol 6G5L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43584 O=C(CO)NO Pocket2Mol 6G5L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43585 Cc1ccc(O)c2c1NC1=C(CN=CN1)C2 Pocket2Mol 5EXN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43586 Nc1ccc(O)c2c1NC1=C(CN=CN1)C2 Pocket2Mol 5EXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43587 O=C(O)c1ccc(C2=NC(=O)C3CCCCN3C2=O)cn1 Pocket2Mol 5EXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43588 CC1C(N)=NC(n2cnnc2)=C1C(N)=O Pocket2Mol 5EXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43589 Nc1nccc2nc3nnc4nc(-c5c(O)ccc(F)c5C(=O)O)n5c4c3c(c12)N=CC5 Pocket2Mol 5NK7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43590 COc1cc2c3c4c5c(nnc6nc(-c7cccc(F)c7C#N)n(c65)CCN4C=C2)nc3c1 Pocket2Mol 5NK7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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