DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
43621 COc1cc(F)ccc1-c1cc2c3c(n1)NCCc1cc(Cl)cc(c1-3)ON2 Pocket2Mol 5FYX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43622 COc1cc(F)ccc1-c1cc2[nH]oc3cc(Cl)cc4oc(=O)[nH]c(n1)c2-c34 Pocket2Mol 5FYX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43623 COc1ccc(F)cc1-c1cc2c3c(n1)N(C)CCc1cc(Cl)cc(c1-3)ON2 Pocket2Mol 5FYX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43624 O=S1(=O)C=NC(c2coc3cc(O)ccc23)=N1 Pocket2Mol 5FYX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43625 Oc1cccc(Oc2ccc3c(c2)CC2=NC4=C(C=CC4)CN2C3)c1 Pocket2Mol 5F08 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43626 CCCCN1Cc2ccc(Oc3ccccc3)cc2CC1=O Pocket2Mol 5F08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43627 CCCCCN1Cc2ccc(Oc3ccccc3)cc2CC1=O Pocket2Mol 5F08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43628 CC=CC1=CN=C2Cc3cc(Oc4cccc(O)c4)ccc3CN2C1 Pocket2Mol 5F08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43629 c1ccc(Oc2ccc3c(c2)CC2=Nc4ccccc4CN2C3)cc1 Pocket2Mol 5F08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43630 CCC1CCc2cc(CN3Cc4cccnc4C3)ccc2C1 Pocket2Mol 5F08 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43631 CC1CCN(C(=O)c2ccc3cc4c(cc3n2)OCNS4(=O)=O)CC1 Pocket2Mol 4RN4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43632 CC(=O)NC(c1ccc(S(N)(=O)=O)c(F)c1)c1ccccc1C Pocket2Mol 4RN4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43633 NS(=O)(=O)c1csc(C(=O)N2Cc3cccnc3C3CCCC32)c1 Pocket2Mol 4RN4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43634 CC1C=C2c3ncccc3CN(C(=O)c3cc(S(N)(=O)=O)cs3)C2C1 Pocket2Mol 4RN4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43635 CC1CC2C(=N1)c1ncccc1CN2C(=O)c1cc(S(N)(=O)=O)cs1 Pocket2Mol 4RN4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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