DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
43651 CCCc1nnn(-c2ccc3c(c2)Oc2cccc4c2C3=NC(=N)C4)n1 Pocket2Mol 4X48 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43652 Cc1[nH]c2c(O)c(C=CC3=NC(=O)CC3)cc3c2c1-c1ccccc1O3 Pocket2Mol 4X48 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43653 Cc1[nH]c2c(O)c(C=CC3=NC(=O)C=C3)cc3c2c1-c1ccccc1O3 Pocket2Mol 4X48 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43654 COc1ccc(N2C=CNC=C2)cc1-c1cccc2c1N=C1C=C=CN=C12 Pocket2Mol 4O04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43655 COc1ccc(-n2ccc(O)c2)cc1-c1cccc2c1N=C1C=C=CN=C12 Pocket2Mol 4O04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43656 COc1ccc(N2C=CNC=C2)cc1-c1cccc2c1N=C1CC=CN=C12 Pocket2Mol 4O04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43657 COc1ccc(-n2ccc(C)c2)cc1-c1cccc2c1N=C1CC=CN=C12 Pocket2Mol 4O04 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43658 C1=CN(c2ccc3c(c2)-c2c(ccc4c2N=C2CCCN=C24)CO3)CC=N1 Pocket2Mol 4O04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43659 COc1ccc(-n2ccc(O)c2)cc1-c1cccc2c1N=C1CCCN=C12 Pocket2Mol 4O04 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43660 OCC1OC2CC3OC1C2CC3O Pocket2Mol 4XAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43661 O=C1OC2CC3OC1C2CC3O Pocket2Mol 4XAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43662 C=C1C(CO)C(O)C2OCCC12 Pocket2Mol 4XAS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43663 C=C1C2CCOC2C(O)C1(C)CO Pocket2Mol 4XAS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43664 OC1CC2CC3CC1OC2C(O)O3 Pocket2Mol 4XAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
43665 OC1CC2C3CC1OC2C(O)(F)O3 Pocket2Mol 4XAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

43651 to 43665 of 73725 items. Total 4915 pages.