DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
44296 Clc1ccc(Nc2ccc(-c3cnc4c(c3)cc3cnncn34)cc2)cc1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44297 CC=CC(C)=Cc1ccc2ccc(C3=CN=C4CC(C=O)=CC=C34)cc2c1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44298 Cc1ccccc1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44299 CC=c1ccc2c(n1)Cc1cc(-c3ccc4ccccc4c3)ccc1N=2 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44300 CC1=CCc2nc3ccc(-c4cnc5cc(O)ccc5c4)cc3cc2C1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44301 CCC1=CCc2nc3ccc(-c4cnc5c(c4)CNC(=O)N5)cc3nc2C1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44302 O=C1Cc2cc(-c3ccc4nc5ccc(Cl)cc5nc4c3)ccc2N1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44303 OC1=C=C2Cc3ccc(-c4ccc5cc(O)ccc5c4)cc3C=C2C=C1Cl Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44304 CCCCn1ccc2cc(-c3ccc4c(c3)CCN(C)C4)ccc2c1=O Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44305 Oc1cc2cc3ccc(-c4ccc5ccccc5c4)cc3cc2cc1Cl Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44306 Cc1ccc(Nc2ccc(-c3cnc4c(c3)C=CC(=O)C4)cc2)cc1O Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44307 c1cnc2ccc(-c3ccc(Nc4ccc5c(c4)OCCC5)cc3)cc2c1 Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44308 Oc1ccc2cc(-c3cnc4cc5ccc(Cl)cc5cc4c3)ccc2c1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44309 CCC1Cc2cc3cc(-c4ccc5ccccc5c4)ccc3nc2C1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44310 Clc1ccc2cc3ncc(-c4ccc5ccccc5c4)cc3cc2c1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

44296 to 44310 of 73725 items. Total 4915 pages.