DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
44326 OC1=Nc2ccc(-c3ccc4nc5ccc(Cl)cc5cc4c3)cc2CC1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44327 Cc1ccc(Nc2ccc(-c3cnc4c(c3)C=C3C=NN=CC34)cc2)cc1 Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44328 c1ccsc1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44329 CCC1CCc2nc3ccc(-c4cnc5c(c4)CNC(=O)N5)cc3nc2C1 Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44330 c1cnc2ccc(-c3ccc(Nc4ccc5c(c4)OCC5)cc3)cc2c1 Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44331 Cc1ccc2nc3ccc(-c4ccc5c(c4)C=CN(O)C5)cc3nc2c1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44332 Cc1ccc2nc3ccc(-c4ccc5c(c4)CCC(O)=N5)cc3cc2c1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44333 OCC1Cc2cc(-c3ccc4nc5c(cc4c3)C3CCCC3=C5)ccc2N1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44334 C=CC1=Cc2cc3c(cc2=C1)CC(c1cnc2cc(O)ccc2c1)=CC=3 Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44335 C=CC1=Cc2cc3cc(-c4ccc5c(c4)CC(CO)N5)ccc3nc2C1 Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44336 C1=Cc2cc3c(nc2=C1)Cc1cc(-c2ccc4ccccc4c2)ccc1N=3 Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44337 Cc1ccc2nc3ccc(-c4cnc5cc(O)ccc5c4)cc3nc2c1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44338 C1=NCc2cc3occc3cc2C1 Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44339 CC1=CCc2nc3ccc(-c4ccc5c(c4)C=CC5)cc3cc2N1 Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44340 COc1ccc2nc3ccc(-c4ccc5c(c4)CCC(O)=N5)cc3cc2c1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

44326 to 44340 of 73725 items. Total 4915 pages.