DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
44416 C1=CC=CC=1 Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44417 Oc1ccc2cc(-c3ccc4cc5ccc(Cl)cc5cc4c3)ccc2c1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44418 COc1ccc(Nc2ccc(-c3cnc4[nH]c(C=N)cc4c3)cc2)cc1C Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44419 ClC1=CC2=Cc3cc(-c4ccc5ccccc5c4)cnc3CC2=C=C1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44420 Fc1ccc2c(c1)CCCC2 Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44421 CCC1CCc2cc3nc(-c4ccc5ccccc5c4)ccc3c(=O)n2C1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44422 CCCCn1ccc2nc(-c3ccc4c(c3)C=CN(O)C4)ccc2c1=O Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44423 Fc1cccc2cc(-c3ccc(-c4ncc5cc[nH]c5n4)cc3)ccc12 Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44424 CCC1(C)CCN(C(=O)c2ccc(-c3ccc4cc(O)ccc4c3)cc2)C1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44425 C1=CC2=Cc3ccccc3CC2=N1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44426 CN1CCc2cc(-c3ccc4c(=O)n(CCC(=O)O)ccc4c3)ccc2C1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44427 COc1ccc2nc3ccc(-c4cnc5ncccc5c4)cc3cc2c1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44428 Cc1ccc(Nc2ccc(-c3ccc4ncccc4c3)cc2)cc1O Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44429 CC1(C)CCN(C(=O)c2ccc(-c3ccc4cc(O)ccc4c3)cc2)C1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44430 Clc1ccc2nc3ccc(-c4ccc5ccccc5c4)cc3cc2c1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

44416 to 44430 of 73725 items. Total 4915 pages.