DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
44446 OCC1COc2cc3ccc(-c4ccc5cc(O)ccc5c4)cc3cc2O1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44447 C1=CC2=Cc3ccccc3OC2C=C1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44448 OC1CCc2cc(-c3ccc4nc5c(nc4c3)CC(O)C(O)C5)ccc2C1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44449 CC1C=CC2=Nc3ccc(-c4cnc5ccccc5c4)cc3CC2=C1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44450 C1=Cc2cc3c(cc2C1)CN=CC3 Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44451 C(=C1CCCC1)c1ccc2ccc(C3=CN=C(c4ccncc4)C3)cc2c1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44452 c1cc2ccc(-c3cc[nH]n3)cc2cn1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44453 Cc1ccc(Nc2ccc(-c3cnc4c(c3)cc3cnncn34)cc2)cc1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44454 CC1=CCC(Nc2ccc(-c3cnc4c(c3)C=C3C=NC=CC34)cc2)=CC1 Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44455 CCCCC1CCc2cc(-c3cnc4c(c3)cc3cnncn34)ccc2N1 Pocket2Mol 4ZFA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44456 O=C1N=C2Cc3cc(-c4cnc5ccccc5c4)ccc3N=C2C=C1O Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44457 O=C1Cc2cc(-c3ccc4nc5ccc(Cl)cc5nc4c3)cnc2N1 Pocket2Mol 4ZFA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44458 Cn1c(=O)[nH]c2c(=O)[nH]ccc21 Pocket2Mol 5WEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44459 NS(=O)(=O)c1cc([N+](=O)[O-])ccc1O Pocket2Mol 5WEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44460 NS(=O)(=O)c1cc([N+](=O)[O-])ccc1F Pocket2Mol 5WEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

44446 to 44460 of 73725 items. Total 4915 pages.