DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
44791 NC(=O)c1cccc(C(=C(F)F)C(F)(F)F)c1 Pocket2Mol 6OE0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44792 Nc1ccc(S(N)(=O)=O)cn1 Pocket2Mol 6OE0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44793 Cc1ccc(C)c2c1C(=O)N(Cc1ccccc1CNC(=O)c1cc3c4c(c1O)CC(O)CN4C(=O)CN3)C2=O Pocket2Mol 6GWR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44794 CC=C1C(=O)N(Cc2ccccc2CN2C=CCC2=O)C[C@@H]1CC Pocket2Mol 6GWR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44795 CC1=C2C(=O)N(Cc3ccccc3CN3C=CCC3=O)CC2CCC1 Pocket2Mol 6GWR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44796 Cc1ccc(C)c2c1C(=O)N(Cc1ccccc1CNC(=O)c1cc3c4c(c1O)C(C)N=CN4C(C)CN3)C2=O Pocket2Mol 6GWR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44797 O=C1C2=CC=CCC2CN1Cc1ccccc1Cn1ccsc1=O Pocket2Mol 6GWR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44798 Fc1ccc(N=Nc2ccc3c(ccc4cc5c(cc43)OCC5)c2)cc1F Pocket2Mol 4YHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44799 COc1cc(O)c2ccc3cc4cc(N)c(O)c(F)c4cc3c2c1O Pocket2Mol 4YHM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44800 COc1ccc2c(C)nc3c4cc5cc(O)ccc5cc4ccc3c2c1 Pocket2Mol 4YHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44801 CNC(=O)NCc1ccc2c(ccc3cc4cc(N)c(O)c(F)c4cc32)c1 Pocket2Mol 4YHM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44802 COc1cccc(-c2ccc3c(ccc4cc5cc(N)ccc5cc43)c2)c1 Pocket2Mol 4YHM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44803 COc1ccc2ccc3cc4cc(N)c(O)c(F)c4cc3c2c1O Pocket2Mol 4YHM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44804 NCc1cc2ccc3cc(N=Nc4ccc(F)c(F)c4)ccc3c2cc1O Pocket2Mol 4YHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
44805 COc1cccc(-c2ccc3c(ccc4cc5cc(F)ccc5cc43)c2)c1 Pocket2Mol 4YHM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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