Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
44836	COC1=CC2=CC=CN(C)C2=C=C1	Pocket2Mol	4W9O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44837	O=C1CCN2CC3C4=CCC5=C4c4c(cccc4N3C=C12)CC(O)O5	Pocket2Mol	4XIP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44838	O=C(c1ccnc(O)c1)N1C=C2C=CCc3ccc4cccc1c4c32	Pocket2Mol	4XIP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44839	CC1=CN(C(=O)c2cc(O)cc(O)c2)c2cccc3c(O)ccc1c23	Pocket2Mol	4XIP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44840	Nc1cc(C(=O)N2C=C3C=CCc4ccc5cccc2c5c43)ccn1	Pocket2Mol	4XIP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44841	OC1=NC=CN2CC3c4ccccc4-c4ccc(F)cc4N3C=C12	Pocket2Mol	4XIP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44842	Nc1cc2cc3c4c(c2cc1O)C=NC1=CC2CC(O)CN5C(=O)C6C(=C25)C1C4C1c2c(cc(O)cc2-3)N=CN61	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44843	O=C(O)c1ccc2c3c1NC(=O)C3N1C=Nc3cc(O)cc(c3C1)-c1cc3ccccc3cc1C2	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44844	OC1=CCC2=C1c1cccc3c1C1C2=C(O)C2CC(O)CC(O)C2N1C=N3	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44845	Cc1cc(N)c2cc3c4c5c6c(cc(O)cc6c3c(O)c2c1)N=CN5C1CC2C(O)C(O)C(O)CN2C2C=CC=C4C12	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44846	O=C1C2=CC(O)=CC3Cc4cc5oc6c(c7noc8c(O)cc9nc%10n%11c%12c(c4C(=C23)C%11C1=CC%10)c5c7c8c9%12)C=CC6	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44847	Nc1ccc2c3c4c5c6c7c(cc(O)cc7c4cc2c1)N=CN6C1C(=O)N2CC(O)CCC4CN(CC3)C5C1=C42	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44848	O=C1C2=C3C(=Nc4c3c3c(c5cc6ccncc6cc45)CC4=C3C1/C=C1\CC(C4)c3cc(F)ccc3C(O)N1)N=CC2	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44849	Nc1cccc2c1C1CC3=C4c5c6c(c7cc8ccc(O)cc8cc7c5C3)N=C3N=CCC(=C36)C(=O)C4NC(=C(O)C2)C1	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44850	Oc1cc2c3c4c(c5cc6c(O)cccc6c(O)c5c3c1)C1=CC=CC3C1C(CC1C(O)C(O)C(O)CN31)N4C=N2	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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