Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
44896	O=C1NC2CN3CCC4(CC3=O)Cc3c5c6c(ccc7ncc8cccc3c8c76)N=C1N5C24	Pocket2Mol	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44897	CC(=O)Nc1cc2c3c(c1)c(O)cc1ccc4c(c13)=C(C2=O)C1OCCNC(C(=O)O)CC2=NNC=4N21	Pocket2Mol	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44898	O=C1C2=CC(O)=CC3Cc4cc5oc6c(c7n[nH]c8c(O)cc9nc%10n%11c%12c(c4C(=C23)C%11C1=CC%10)c5c7c8c9%12)C=CC6	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44899	Cc1nc2c3c(n(C)c(=O)nc3n1)NCN2	Pocket2Mol	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44900	Nc1cc2cc3c4c5c6c7c(cc(O)cc73)N=CN6C3C(=O)N6CCCCC7CC(NCc4c2cc1O)C5C3=C76	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44901	O=C1C(O)c2ccc3c4c2C1N1C=Nc2cc(O)cc5c2c1c-4c1c(c2ccccc2cc15)CN3	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44902	Oc1cc2c3c4c(c5c(F)cc(O)c(O)c5c3c1)CC1CC(O)C(O)CC1N4C=N2	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44903	Cc1nc2c3c4c(nc(N)c3n1)C=C1c3ccccc3C=C(C3=C2CC(=O)N3)C14	Pocket2Mol	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44904	O=C(O)C1Cc2cc3c4c5c2N(C1)C(=O)C5N1C=Nc2cc(O)cc5c2c1c-4c1c(c2ccccc2cc15)CC3	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44905	O=C1N=Cc2ccc3c4c2C1N1C=Nc2cc(O)c5c6c7c(c-4c1c26)C(C3)c1ccccc1C7=CC=C5	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44906	O=C1C2=C3C(=Nc4c3c3c(c5cc6ccncc6cc45)CC4=C3[C@@H]1NC1=CC(=NO)c3ccc(O)cc3[C@H](C1)C4)N=CC2	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44907	CC1(O)CCC=C2C3=C4c5c(ccc6c5C(=C(c5ccccc5)NN6)C3)N=C(N)N4CC21CO	Pocket2Mol	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44908	CC=Cc1cc(C)c2c3c4c5c(cc(O)cc5c2c1)N=CN4[C@@H]1C(=O)N2C[C@@H](O)C(=O)OCC2=C1C3	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44909	NC1C/C2=N/C3C(=O)C4=C5C(=Nc6c5c5c(c7cc8cccc(O)c8cc67)CC(=C53)CC(C2)c2ccccc21)N=CC4	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
44910	Nc1cc2cc3c4c5c6c7c(cc(O)cc73)N=CN6C3C(=O)N6CC(O)CCC7CC(=NCc4c2cc1O)C5C3=C76	Pocket2Mol	1PHK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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