DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
46486 COc1cc(C)cc(O)c1 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46487 O=C(O)C1=CC(O)C2CC34CCC(Cc5cscc53)C4CC2=C1 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46488 COC1=CC2C(=O)C(O)C3CC4CCC5(C4)C(=O)C1(C)C2(O)C35 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46489 O=C1CCN(C(=O)O)CC1c1cccnc1 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46490 COc1ccc(C2CN(C)c3ccc4ccccc4c32)c(CO)c1 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46491 C1=CCC2=C3CC4C5CCC6=CCC7=COC(=CC2=C1)C3C7C64CC5 Pocket2Mol 1FMC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46492 CCc1cccc(C2CNc3ccc(CC(C)O)c(O)c32)c1C Pocket2Mol 1FMC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46493 O=C(O)CC12CCCC1C(O)C1=C(O)C(=O)C=C(O)C1C2 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46494 CC12CC3CCCC1(CC3)CC(C(=O)O)C2 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46495 CC12CCC3C(O)NCC3C1CCC2=O Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46496 COC(=O)C12CCC3C(CC1)(CC2)C(=O)C1(C)C(O)N(C)C(=O)C31C Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46497 OC1=CC2=CC=CCC2=C2CC3C4C5CC3(CC12)c1ccccc1C54 Pocket2Mol 1FMC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46498 OC1CCc2cc3c(cc2C1)CC1CC(O)CN1C3 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46499 Cn1ccc2cn(O)c(=O)cc2c1=O Pocket2Mol 1FMC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46500 CC1=C2C=C(O)C3C(=C2C=CC1)CC1C2CCC4=CC=CC3C41CC2 Pocket2Mol 1FMC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

46486 to 46500 of 73725 items. Total 4915 pages.