DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
46501 CC1(C)C(=O)C2(C)CCN3C(=O)CCc4ccc5c(c43)C2C1C(=O)N5 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46502 O=C(O)CC12CCC(=O)C1CC1=C(O)C(=O)C=C(O)C1C2 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46503 CC1(C)C(=O)C2(C)CCN3C(=O)CCc4ccc5c(c43)C2C1C(=O)C5 Pocket2Mol 1FMC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46504 COc1ccccc1 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46505 O=C(O)C12CCC34CC1CC1CC5CC6C=CC=C3C6C5C14C2 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46506 CC1COC(=O)C2=C1C1(C)C(=O)C(C)(C)CC1(O)C2O Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46507 O=C(O)C1CC23CCN4CC(C2=O)C2CC3(C1)C4CO2 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46508 CC1=C2CC3CCC4(CC3)C(=O)C3(C)C(=O)N(C)C(=O)C(C1)C3C24 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46509 C[C@@]1(O)C[C@H]2CC[C@@]3(C[C@@H]4C(=CC(CC(=O)O)C[C@@H]4O)C=C23)C1=CO Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46510 O=C(O)C1C=C(O)C2CC34CCC(Cc5cccc(O)c53)C4CC2=C1 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46511 CN1CCCC(c2cccnc2)C1 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46512 O=C(O)c1ccc2cccc(O)c2c1 Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46513 CC(C)Cc1ccc2c(c1O)C(c1ccc3[nH]ccc3c1C=O)CC2 Pocket2Mol 1FMC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46514 CC12CCC3C(O)C=CC3C1CCC2O Pocket2Mol 1FMC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46515 Cc1ccccc1C1CN(C)c2ccc3c(c21)=CC=C=3 Pocket2Mol 1FMC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

46501 to 46515 of 73725 items. Total 4915 pages.