DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
46711 Oc1cccc(Oc2cc3ccccc3c3c2OCCC3)c1 Pocket2Mol 4CWN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46712 c1ccc(Cc2ccc(-n3cc4ccccc4n3)cc2)cc1 Pocket2Mol 6J1L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46713 Oc1cccc(Cc2ccc(-n3cc4c(n3)CCCC4)cc2)c1 Pocket2Mol 6J1L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46714 c1ccc(Cc2ccc(-n3cc4c(n3)CCCCC4)cc2)cc1 Pocket2Mol 6J1L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46715 c1ccc(Cc2ccc(-n3cc4c(n3)CCCC4)cc2)cc1 Pocket2Mol 6J1L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46716 OCC1COC(C(O)C2OC(O)C(O)C2O)O1 Pocket2Mol 6J9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46717 OCC1=COC(C(O)C2OC(CO)C(O)C2O)O1 Pocket2Mol 6J9Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46718 NC(C1CC(O)(C=O)C(O)O1)C1OC=C(CO)O1 Pocket2Mol 6J9Y ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46719 OCC1=COC(C(O)C2OC(O)C(O)C2O)O1 Pocket2Mol 6J9Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46720 Cc1cc2c(cn1)NC1C(=O)COC3C4OP(=O)(O)OCC4OC3N21 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46721 Cc1ncc(C)c(-c2ncc3cnccc3n2)n1 Pocket2Mol 1E8H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46722 OC1=C2COCCC2=CC1 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46723 Cc1cc2c(cn1)CC(C(=O)O)N2C1CC2OC3=CN=C(N)C3COC2O1 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46724 O=C(O)C(=O)CCC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)OC(CO)n1cccc1 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46725 Cc1onc2c1NC1CCN(C)C1OC2COP(=O)(O)OP(=O)(O)O Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

46711 to 46725 of 73725 items. Total 4915 pages.