DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
46726 O=C(O)C(O)C1OC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)C(=O)C2OCCCC2O1 Pocket2Mol 1E8H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46727 Cc1cc2c(cn1)CC(C(=O)O)N2C1CC2Oc3cnccc3COC2O1 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46728 O=P(O)(O)OP(=O)(O)OCC(OC(CO)N1CCCC1)C1CCCCO1 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46729 O=C(O)C(O)C1OCc2ccccc2C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O1 Pocket2Mol 1E8H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46730 Cc1scc2c1NCC(N(C)C)OC2COP(=O)(O)OP(=O)(O)O Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46731 Cc1cncnc1-c1ncc2c(n1)CC1C(O)C(=O)OC(=O)N1C2 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46732 O=C1CC(C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)OC(CO)N2C=NCC2)=CC=N1 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46733 C=C1OC2CC(N3c4cc(C)ncc4CC3C(=O)OC)OC2OC(=O)C1=O Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46734 COC1C(=O)C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)OC(C(O)C(=O)O)OC1C Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46735 Cc1cc2c(ccn2C2=CC3C(CC(C(=O)O)C3O)O2)cn1 Pocket2Mol 1E8H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46736 CC(=O)N1CCC2Nc3ccncc3C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)OC21 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46737 O=C(O)NC1OC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)C2=CC=CC(=O)C2=CC1O Pocket2Mol 1E8H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46738 O=C1CC(C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)OC2CCC(=O)C2O)=CC=N1 Pocket2Mol 1E8H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46739 Cc1cc2c(cn1)NC1c3nocc3OC3C4OP(=O)(O)OCC4OC3N21 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46740 O=C(O)O Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

46726 to 46740 of 73725 items. Total 4915 pages.