DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
46801 CC(=O)N(O)C(CO)OC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)C1CCC(O)CO1 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46802 O=C(O)CC1CN(CCOP(=O)(O)O)c2cc(F)ccc2C1O Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46803 Cc1nncc2ncncc12 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46804 CC(=O)N1CCC2Nc3cscc3C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)OC21 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46805 CC(=O)NC1OC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)C2OCCC=C2CC1O Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46806 O=C(O)NCc1ccc(O)c(F)c1 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46807 Cc1cc2c(cn1)NN=C1CN(C)CC3=C(OC(OCC(=O)O)C3O)N12 Pocket2Mol 1E8H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46808 CN(C)C(CO)OC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)c1ccccc1 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46809 CC(=O)NC(CO)OC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)C1CC(=O)CCO1 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46810 O=C(O)C1=CC=CN(C2OC3(COP(=O)(O)O)CC2OC(CO)O3)C1 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46811 NC(=O)C1NC2CCN(C(=O)O)C2OC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)C1=O Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46812 NC1=NC2=CC=CC2=C=C1 Pocket2Mol 1E8H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46813 COc1cnn2c1C(O)C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)OC1C2CCN1C Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46814 O=C1OC(O)CC(O)C1O Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46815 CN1C=CCC1OC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)c1ccc(O)cc1 Pocket2Mol 1E8H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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