DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
46816 NC(=O)COCC1OC(C(=O)OP(=O)(O)O)C(O)C(O)C1O Pocket2Mol 1E8H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46817 CN1CCOC2C(=O)c3ccccc3C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)OC21 Pocket2Mol 1E8H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46818 c1cncc(-c2ncc[nH]2)c1 Pocket2Mol 1E8H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46819 O=C(O)CC1C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)OC(CO)C(O)C1O Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46820 Cc1cc2c(ccn2C2CC(O)C(=O)O2)cn1 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46821 CC(=O)NC1CNC2=CC=COC2C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O1 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46822 O=C(O)NCc1ccc(Cl)c(F)c1 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46823 O=C1CCOC(C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)OC(CO)N2CCCC2)C1 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46824 Nc1cc2c(cn1)CCCN2C1=CC(O)C(COCO)O1 Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46825 CC1OC2C(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)OC(n3ccnc3)CNC2C1=O Pocket2Mol 1E8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46826 O=C(O)CC1CC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)OC(NC(=O)O)C(O)C1 Pocket2Mol 1E8H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46827 Cc1cnc2ncc(-c3nc4n(n3)Cc3cc(O)c(O)cc3C4)cc2c1 Pocket2Mol 6JAV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46828 CN1CCN2C(=O)c3c(O)cc4ccc(N)nc4c3CC2C1 Pocket2Mol 6JAV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46829 Cc1cc2cc(-c3nnn(Cc4ccc(Cl)cc4)n3)cnc2nc1N Pocket2Mol 6JAV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
46830 COc1ccc2c(c1)Cn1nc(-c3cnc4ncc(C)cc4c3)nc1N2 Pocket2Mol 6JAV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

46816 to 46830 of 73725 items. Total 4915 pages.