DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
48451 COc1cc(C2=C=C3C(N=C2)N=C2C4=NC=CC4c4cccc(O)c4C32)ccc1O Pocket2Mol 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48452 COc1cc(C2=C=C3C(N=C2)N=C2C(N)=Nc4cccc(OC)c4C32)ccc1C Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48453 CNc1ncccc1C1=NC2=C(C)C(=O)NC(=O)C2=C1 Pocket2Mol 5KCB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48454 Nc1[nH]ccc1C1=NC2=C(C(=O)O)CNC(=O)C2=C1 Pocket2Mol 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48455 CN1C(=O)c2cc(F)cc3cc(C(N)=O)cc(c23)C1=O Pocket2Mol 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48456 CCc1cccc2c3c[nH]nc3c3cc(F)ccc3c12 Pocket2Mol 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48457 COc1ccc2c(c1)CC(=O)c1ccccc1-2 Pocket2Mol 5KCB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48458 CC1=Nc2nc3nc(N)cc-3[nH]c2C1 Pocket2Mol 5NKD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48459 Cc1[nH]c(N)nc2nc3nc(N)sc3c1-2 Pocket2Mol 5NKD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48460 C1=Nc2nc3c(cc2=C1)-c1cccnc1N=3 Pocket2Mol 5NKD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48461 CC1=NC2=C(CC3=CC(N)=NC3=N2)C1 Pocket2Mol 5NKD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48462 CC1(CCc2ccc3c(c2)C2(C)C(=O)CC4CCC(=O)C(C)(C3)C42C)C=C(C(=O)O)NC1 Pocket2Mol 5F2U ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48463 Fc1ccc(-c2cccnc2)cc1 Pocket2Mol 5F2U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48464 C=CC1=COCC2C1NCC2(C)CCc1ccc2c(c1)C1(C)CC3CCC(C)(C2)C1(C)C3 Pocket2Mol 5F2U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48465 CC12CCC3CC(C)(c4cc(CCC56CCCC5C(C(=O)O)NC6=O)ccc4C1)C2(C)C3 Pocket2Mol 5F2U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

48451 to 48465 of 73725 items. Total 4915 pages.