DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
48391 Cc1ccc(C2C=NC3N=C4C(N)C(=O)c5cc(O)cc6c5C4C3C2=CO6)cc1Cl Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48392 CC1c2ccc3c(ncc(=O)n3C)c2C(c2cscn2)N1C Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48393 NC(=O)c1ccc2nc3c(cnc4nc5cc(C(=O)O)ccc5cc43)c(N)n12 Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48394 Cc1cccc2c1C(=O)CC21CN=C2N=c3ccc(C(=O)O)cc3=C2C1 Pocket2Mol 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48395 CC1=C2C(=O)CC3(CN=C4N=c5ccc(C(=O)O)cc5=C4C3)C2C=C1 Pocket2Mol 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48396 Cc1c(F)cccc1C1=NC2C(=NC1)Nc1cc(C(N)=O)ccc12 Pocket2Mol 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48397 COc1cc(C2=C=C3C(N=C2)N=C2C4=NC=CC4c4cscc4C32)ccc1O Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48398 CC1=CCc2cc(N3C=C4Cc5ccc(N)nc5N=C4NC3=O)ccc2C1=O Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48399 Cc1ccc(C2=C3C=Cc4ccc(O)c5c4C4C(=NC(N=C2)C34)C2NCCC52)cc1C Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48400 COC(=O)c1cc2c(cc1OC)=NC1=CN=C(c3ccccn3)CC=21 Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48401 Cc1cc(O)cc(C2=CN=C3N=c4cc(C5=NCC(=O)N5)ccc4=C3C2)c1C Pocket2Mol 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48402 Cc1cc(C)cc(C=C2N=C3N=C4C(=CCc5ccccc54)Nc4nccc2c43)c1 Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48403 COc1cc(C2=C3NC(=O)c4cccc5c4C4C(=NC(N=C2)C34)C(N)=C5)ccc1O Pocket2Mol 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48404 Cc1ccc(C2=C3CCc4ccc(O)c5c4C4C(=NC(N=C2)C34)C2NCCC52)cc1C Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48405 Cc1ccc(C2C=NC3N=C4C5C3=C2C=Cc2cccc(c25)C2N=C(N)NC42)cc1C Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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