DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
48331 Cc1ccc(C2=C3C=Cc4cccc5c4C4C(=NC(N=C2)C34)C2N=CC=C52)cc1C Pocket2Mol 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48332 COc1cc(C2=C3COc4c(OC)ccc5c4C4C(=NC(N=C2)C34)C(N)=N5)ccc1O Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48333 COC1=c2c(nnc3c2=c2cc4c(cc2=N3)CC(=O)NC4=O)-c2ncc(O)cc2C1 Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48334 COc1cc(C2=C=C3C(N=C2)N=C2C4N=C(N)C=C4c4cccc(O)c4C32)ccc1O Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48335 COc1cc(C2=C3C=Cc4cccc5c4C4C(=NC(N=C2)C34)C(N)=C5)ccc1C Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48336 Cc1cccc(C2=CN=C3N=c4cc(-c5nccc(=O)[nH]5)ccc4=C3C2)c1C Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48337 Cc1cc(C2C=NC3N=C4C(N)=Nc5cccc6c5C4C3=C2C=C6)ccc1O Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48338 O=C1NC2C3=NC4N=CC(c5ccc(Cl)c(Cl)c5)=C5CCc6cccc(c6C3C54)C2N1 Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48339 Oc1ccc(C2C=NC3N=C4C5NC=CC5c5ccc(O)c6c5C4C3C2=CO6)cc1Cl Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48340 COc1cc(C2=C=C3C(N=C2)N=C2C4=NCC=C4c4ccccc4C32)ccc1O Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48341 O=C1C=C2CC3=CC=NC3C3=NC4N=CC(c5ccc(O)c(Cl)c5)C(=N1)C4C23 Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48342 COc1cc(C2=C=C3C(N=C2)N=C2C4=NCN=C4c4c(OC)cccc4C32)ccc1C Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48343 COc1ccc2c3c1C(=O)C(N)C1=NC4N=CC(c5ccc(C)c(C)c5)=C(C=C2)C4C13 Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48344 Cc1ccc(C2=C=C3C(N=C2)N=C2C(N)c4ccc(O)c5ccc(O)c(c45)C32)cc1C Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48345 Cc1ccc(C2=CC3C(N=C2)N=C2NC4=CC=CCC4=C4N=CC=C4C23)c2cnoc12 Pocket2Mol 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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