DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
48376 COc1cc(C2=C=C3C(N=C2)N=C2C4N=CC=C4c4cccc(O)c4C32)ccc1O Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48377 Cc1cc(C2C=NC3N=C4C(N)=C5C=COc6ccc7c(c65)C4C3C2=CO7)ccc1O Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48378 CC1=CC2=NC3N=CC(c4cc(=O)n5c6c(cccc46)OCC5)=CC3=C2C=CO1 Pocket2Mol 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48379 Cc1sc2c3c1C(=O)C(N)C1=NC4N=CC(c5ccc(Cl)c(Cl)c5)=C(C=C2)C4C13 Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48380 COc1cc(C2=C=C3C(N=C2)N=C2C4N=CC=C4C4C=CC=C4C32)ccc1O Pocket2Mol 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48381 Cc1cc(C)cc(C=C2N=C3N=C4c5ccccc5C=C[C@@H]4Nc4nccc2c43)c1 Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48382 O=C(O)c1ccc2cc3[nH]c(-c4cnnc5ccccc45)nc(=O)c3cc2c1 Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48383 COc1cc(C2C=NC3N=C4c5ncccc5C(=O)C5=CC(O)=CC2=C3C54)ccc1C Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48384 COc1cc(C2=C=C3C(N=C2)N=C2C4=NC(N)=NC4c4ccccc4C32)ccc1O Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48385 Cc1ccc(C2C=NC3N=C4C5NC=CC5c5cccc6c5C4C3C2=CO6)cc1Cl Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48386 COc1ccc2c(c1)C1C3=C=C(c4ccc(O)c(C)c4)C=NC3N=C1C(=O)N2C Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48387 Cc1nc(=O)c2cc3c(cc2o1)=NC1=CN=C(c2ccccn2)CC=31 Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48388 Cc1ccc(C2C=NC3N=C4C5NC(=O)N=C5c5cccc6c5C4C3C2=CO6)cc1Cl Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48389 COc1cc(C2=C=C3C(N=C2)N=C2C(=O)N(C)c4ccccc4C32)ccc1C Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48390 Fc1cc(Cl)cc(C=C2N=C3N=c4c(ccc5c4=CC=CC5)Nc4ncnc2c43)c1F Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

48376 to 48390 of 73725 items. Total 4915 pages.