DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
48361 Cc1ccc(C2C=NC3N=C4C5NC=NC5c5ccc(O)c6c5C4C3C2=CO6)cc1Cl Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48362 COc1ccc2c(c1)C1C(=NC3N=CC(c4ccc(C)c(O)c4)CC31)C(=O)N2 Pocket2Mol 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48363 Cc1ccc(C2C=NC3N=C4C(N)=Cc5c(O)ccc6c5C4C3C2=CO6)cc1C Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48364 COc1cnc(-c2nn(C)cc2-c2ncc(=O)n3cc(-c4csc(C)c4C)sc23)nc1 Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48365 Cc1ccc(C2C=NC3N=C4C5NC(=O)N=C5c5cccc6c5C4C3C2CO6)cc1Cl Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48366 COc1cc(-c2cc(O)c3cc(OC)ccc3c2)c2c3c(ncc2c1)ONC3 Pocket2Mol 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48367 COc1ccc2c(c1)NC1=NC(=O)C(c3c(C)ccc(F)c3F)=NC12 Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48368 O=C(O)c1ccc2cc3[nH]c(-c4cccc5c4CCCC5)nc(=O)c3cc2c1 Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48369 Nc1cc(C2=CC3C(N=C2)N=C2NC(=O)c4ccccc4C23)c2c(n1)C=NC2 Pocket2Mol 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48370 OCc1ccc(N2C=Nc3nccc4ccnc2c34)cc1C(F)(F)F Pocket2Mol 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48371 OCc1c(O)ccc2cc(-c3ccc4c5c(cccc35)-c3ccccc3O4)cc(O)c12 Pocket2Mol 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48372 Cc1cccc2c1Cc1c(nc3c(c1N)=C(CN1CCCCC1)CN=3)N2 Pocket2Mol 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48373 COc1cc(C2=C3C=Cc4cccc5c4C4C(=NC(N=C2)C34)C2NCC=C52)ccc1O Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48374 Oc1ccc(C2=CC3C(N=C2)N=C2C4=NCN=C4c4ccccc4C23)cc1Cl Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48375 Oc1ccc(C2C=NC3N=C4C5NC=NC5c5ccc(O)c6c5C4C3C2=CO6)cc1Cl Pocket2Mol 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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