DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
48826 c1ccc(Nc2nccc3ccccc23)cc1 Pocket2Mol 1GG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48827 Cc1cc2c(c(CC(=O)O)c1C)-c1ccccc1C(O)O2 Pocket2Mol 1GG5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48828 CC1=NNN2CCc3c(ccc4cscc34)N12 Pocket2Mol 1GG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48829 CC1=Cc2nc3cccc4c3c3c2C(C1)C(O)=NC3C=C4 Pocket2Mol 1GG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48830 Cc1nnc(Nc2ccccc2O)c2c1CC=NC2=O Pocket2Mol 1GG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48831 CC1=Cc2cnc3c(c2C1)CCc1ccccc1N3 Pocket2Mol 1GG5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48832 O=C(O)C1=C(O)C2=c3c4c5c(cccc5cc5cccc(c(=O)n3C1)c54)C2 Pocket2Mol 5ANV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48833 CC=C[C@@H]1Cn2c(=O)c3cccc4cc5cccc6c5c(c2=C(C6)[C@H]1O)c43 Pocket2Mol 5ANV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48834 CNCc1c(O)c2c3n(c1=O)Cc1cccc4cc5cc(O)cc(c5c-3c14)C2 Pocket2Mol 5ANV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48835 CCOc1c(O)c2c3n(c1=O)Cc1cccc4c1C3C(CC2)C(C)=C4 Pocket2Mol 5ANV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48836 CCOC/C1=C/CCCCC2C=C(c3ccc(O)cc3)C3CC(N)(C2)Cn2c(cnc2/C=C2/C=CC=CC23)N1 Pocket2Mol 4MC2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48837 N[C@@]12CCC=C(c3ccc(O)cc3)[C@H](C1)[C@H]1C=CC=C/C1=C/c1ncc(NC(=Cc3ccsc3)c3ccco3)n1C2 Pocket2Mol 4MC2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48838 N[C@@]12CCC=C(c3ccc(O)cc3)[C@H](C1)[C@H]1C=CC=C/C1=C/c1ncc(NC(=Cc3ccccc3)c3ccco3)n1C2 Pocket2Mol 4MC2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48839 CC1(N)CC(Cc2cccc(F)c2F)C2CCC=C/C2=C/c2nc3cnc(N)nc3n2C1 Pocket2Mol 4MC2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48840 O=C1CNC(=O)N1 Pocket2Mol 6IOR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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