DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
48841 O=C1CCNC1 Pocket2Mol 6IOR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48842 O=C(O)C(=O)CO Pocket2Mol 6IOR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48843 O=C(O)C(O)CO Pocket2Mol 6IOR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48844 CC(N)C(=O)O Pocket2Mol 6IOR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48845 COc1ccc2c(c1)CCC1=C2CCN2C3=C1C3C(O)c1ccc(C(C)(C)C)cc12 Pocket2Mol 4C5D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48846 COc1ccc2c(c1)CCC1=C2CCN2C3=C1C3C(=O)c1ccc(C(C)(C)C)cc12 Pocket2Mol 4C5D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48847 CCN(C)C(=O)CCC(C)c1ccc2c(=O)c3c(O)cccc3n(CCc3cc(O)cc4c(O)cccc34)c2c1 Pocket2Mol 4C5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48848 CCC=Cc1ccccc1O Pocket2Mol 4C5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48849 CCN=C1C=C2Cn3c(c(C(=O)O)n(-c4c(CC)ccc(C)c4O)c3=O)C(c3c(F)cccc3CO)=C[C@H]2N1 Pocket2Mol 5M23 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48850 CCN=C1C=C2Cn3c(c(C(=O)NC)n(-c4c(O)c(C)cc(O)c4CN)c3=O)C(c3cccc(F)c3CC)=C[C@H]2N1 Pocket2Mol 5M23 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48851 CCc1c(F)cccc1C1=C[C@H]2NC(=NCN)C=C2Cn2c1c(C(=O)NC)n(-c1c(O)c(C)cc(O)c1CN)c2=O Pocket2Mol 5M23 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48852 C=C(C(=O)OC)C1=CC2NC(CC)=CC2Cn2c1c(C(=O)O)n(-c1c(C=O)ccc(C)c1O)c2=O Pocket2Mol 5M23 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48853 O=C(O)c1cnc2oc3c(c2c1)C(C(=O)O)C(=O)N(O)C3=O Pocket2Mol 6IHT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48854 O=[N+]([O-])Cc1ccc2cc(OC(F)(F)F)ccc2n1 Pocket2Mol 6IHT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48855 O=C(O)c1cnc2oc3c(O)cc(O)c(C(=O)O)c3c2c1 Pocket2Mol 6IHT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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