DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49381 Cc1cc2nc3nc(N)nc(N)c3cc2c(C)n1 Pocket2Mol 6K3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49382 Cn1c2nc(N)nc(N)c2c2cc(O)cc(O)c21 Pocket2Mol 6K3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49383 CN1c2nc(N)nc(N)c2N=C2C=NC(N)=NC21 Pocket2Mol 6K3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49384 NC1=NN=C(c2ccc(N)nc2N)C1 Pocket2Mol 6K3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49385 CN1c2nc3cc(N)nc(N)c3cc2C(=O)C1O Pocket2Mol 6K3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49386 CN1c2nc(N)nc(N)c2NC2=C=NC(N)=NC21 Pocket2Mol 6K3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49387 NC1=NC2=NC3=NCC4=C5C3C(C3=NC(=O)C6=C7C3N5c3c(ccc5c(=O)nc(n7c35)CC6)C4)C2C=C1 Pocket2Mol 6EIJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49388 O=C1OC2=NC(=O)c3ccc4c5c3C2C2=C1CCC1C3C6C=NC=NC6=NC6=NCC(=C(C63)N5C21)C4 Pocket2Mol 6EIJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49389 O=C1C=C2C(=O)Oc3ccc4c5c3C2C2=C1CCC1C3C6C=CC=NC6=NC6=NCC(=C(C63)N5C21)C4 Pocket2Mol 6EIJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49390 NC1=NC2=NC3=NCC4=C5C3C(C2C=C1)C1SC(C(=O)O)=C2Nc3c(NCC(=O)O)ccc(c3N5C21)C4 Pocket2Mol 6EIJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49391 CC1=NC2=NC3=NCC4=C5C3C(C2C=N1)C1SC(CO)=C2Oc3c([N+](=O)[O-])ccc(c3N5C21)C4 Pocket2Mol 6EIJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49392 Oc1ccc(O)c(O)c1 Pocket2Mol 4Q1X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49393 CC(C)C1C=C(CC(=O)O)NC(OC2C(O)C(O)C(c3ccc(C(=O)O)cc3)OC3OC32CO)=N1 Pocket2Mol 4Q1X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49394 CC(C)CC1C=C(C(C)C)NC(OC2C(O)C(O)C(c3ccc(C(=O)O)cc3)OC3OC32CO)=N1 Pocket2Mol 4Q1X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49395 Oc1ccccc1 Pocket2Mol 4Q1X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

49381 to 49395 of 73725 items. Total 4915 pages.