DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49441 O=c1nc2c3c4c(ccc3o1)CCC1=CC3C=NC5=NC=CC2C5=C3N14 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49442 COc1cc(O)c(CN)c2c1OC1CC=C3C=Nc4cnc(nc4N31)NCO2 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49443 NCc1ccc2c3c1OCNc1ncc4c(n1)N1C(=C/C(=C/CO2)C1O3)C=N4 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49444 CC1C=CC2=C3N4C5=C6C2=CC=CN6CN=C5NC(=O)C4c2ccccc2N31 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49445 NC(=O)NC1Cc2ncc3ccn4c3c2C1N=C1CC=CC=C14 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49446 CC1=CC=C2c3ccc4ccnc(n34)C3=C4C(C=NC3=O)C=C1N24 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49447 NC1=C=C2CC(=O)Nc3nccc4c3N2C2=C1C(=O)N1CC(O)C(N)C1CN24 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49448 Cc1cc2onc(O)n3c4cc(O)cc5c4c(n(c2-3)c1=O)=NCC5 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49449 CN1C2=CC=C(C(N)=O)CC2=C2C(O)Nc3ncnc4c(=O)nc1n2c34 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49450 CN1NC2Cc3nc4nccn4c4c3N3C2=C(CN2C(=O)CCC(=C23)N4)C1=O Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49451 Cn1c2c3c(nc1=O)NC(=O)C1=C4CC=CC5=C4N4C(=C(C=CC4CC5)C2)N13 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49452 O=C1N=C2Oc3cccc4c3N3C(=CC5C=NC(N1)C2=C53)C(=O)N4 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49453 O=c1nc2n(c3cncnc13)C=C1C(CCC(CO)C1O)N2 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49454 CN1C(=O)C(C(O)CCO)=C2C=Nc3ncnc4c3N2C1=CC4 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49455 CN1C2=CCc3ncnc(N)c3N2C=C2C1CCCC2(O)CO Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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