DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49456 Cn1c(=O)c(C(O)CCO)cn2c3cncnc3c(=O)nc12 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49457 NCCC(O)C1=C2C=NC3=NCN4C=CC=C5C6=C(N(CCC6)C1=O)N2C3=C54 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49458 CCC1(O)CCCC2C1=CN1C(=CCc3ncnc(N)c31)N2C Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49459 NC1N=C2N=CC3C=C4C(=O)Cc5cccc6c5N4C3=C2C(=N1)O6 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49460 OC1C2=CN=C3N=CC4C=C5CCc6ccc7c8c6N5C4=C3C2C8=C1CO7 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49461 NC1=NC(=O)C2=C3CNC4=NCN5C=CC=C6N=C(NC2=N1)N3C4=C65 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49462 O=c1c2cccc(=O)n2c2ccnc3c2n1C(OC(CO)CO)CN3 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49463 Cn1c(=O)c(C(O)CCO)c2n3c4c(ncnc4c(=O)nc13)NC2 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49464 NC1=NC(=O)C2=C3C(O)NC4=NCN5C=CC=C6N=C(NC2=N1)N3C4=C65 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49465 O=C1N=C2Oc3cccc4c3N3C(=CC5C=NC(N1)C2=C53)C(=O)C4 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49466 NC1CC(=O)N2CN3C4CCC(=O)c5ccnc(c54)N4CCC(O)C(C2C1)C43 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49467 CN1C(=O)c2cc3c(c(=O)c(N)c2C1=O)c1cccc2c(=O)ccn3c21 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49468 CC=CC1=C(C)C=CC(=C(CN)C2=NC(=O)C3=NCC=C([C@H](C)N)C3=C2)N1 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49469 CN1CN=C2N=CC3=C4C(=COC(CO)C4O)N(C)C4=C=CC1=C2N43 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49470 CN1c2cc(=O)c3ncncc3n2C=C2C(O)C(N)CCC21 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

49456 to 49470 of 73725 items. Total 4915 pages.