DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49486 CC1CN2C(=O)C3=C4N(CC2C1N)c1ccnc2c1N4C(=C=C3N)CC(=O)N2 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49487 O=C1C=C2NC3c4c(cnc5cc6cccc1c6c2c45)NC1CCCC13 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49488 COc1ccc(O)c2c1OCNc1ncc3c(n1)N1C(=CCC1O2)C=N3 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49489 NCCC(O)C1=C2CNC3=NCN4C=CC=C5C6=C(N(CCC6)C1=O)N2C3=C54 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49490 CN1C2=CCc3ncnc4c3N2C(=C2C1=NC(=O)C(CO)C2O)CN4 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49491 O=C1NC2=NCN3C=CC=C4C5=C6N(CCC5)C(=O)C(C(O)CO)=C1N6C2=C43 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49492 Nc1nc2c3c4c(ccc3n1)CC1CCC(=O)C3C=C5C(=O)N=CN2C5N4C13 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49493 O=C1CCCC2C(=O)N3c4c(ccnc4NC(O)C3OC(CO)CO)N12 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49494 NCCNC1CC(=O)Nc2c1cc1c3c(ccc(O)c23)C(=O)C(=O)N1 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49495 CN1C(=O)C2=C3C(=NC4=NCN5C=CC=C6N=C1N3C4=C65)NC1NC(=O)CC21 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49496 NCC(CO)OC1C=NCC2=Cc3cccnc3CN21 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49497 CC1=CC=C2N=C3N(C)C4=Nc5nccn5C(O)C4=CN3C3=C2N1CN=C3 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49498 CC(CO)OC1CNNCC2=Cc3c(O)ccnc3CN21 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49499 CCNC1(O)COc2cc3c(C)ccc(C(=O)O)c3nc2C1 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49500 CC1=Cc2c3n(cc(O)c2=O)C(=O)CC2CC=C1N32 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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