DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49546 O=c1cc[nH]c(Cc2cccc(OC3OC4C(O)COC4C(O)C3O)c2)n1 Pocket2Mol 5M28 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49547 N=C(N)NCC(O)c1cccc(OC2Oc3ccccc3C(O)C2O)c1 Pocket2Mol 5M28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49548 Cc1cc2c3c(c1C(=O)O)CNC(=O)c1cccc(c1-3)-c1ccccc1C2 Pocket2Mol 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49549 Cc1cc2c3c(c1C(=O)O)CNCc1cccc(c1-3)-c1ccccc1C2 Pocket2Mol 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49550 NC1N=C2NC(O)Cc3ccc4c(c32)-c2c(cccc21)-c1ccccc1C4 Pocket2Mol 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49551 O=c1nc2c3c(ccc4c3c3c(cccc13)-c1ccccc1C4)C(O)CN2 Pocket2Mol 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49552 O=C(O)c1cc2c3c(c1)C(O)NC(=O)c1cccc(c1-3)-c1ccccc1C2 Pocket2Mol 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49553 CCOc1cc(OC)cc2c(N)nccc12 Pocket2Mol 5J27 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49554 NC1NC(=O)c2cccc3c2-c2c(cc(C(=O)O)cc21)Cc1ccccc1-3 Pocket2Mol 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49555 N=c1nc2c3c(ccc4c3c3c(cccc13)-c1ccccc1C4)CC(=O)N2 Pocket2Mol 5J27 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49556 CC1=C2CC(O)CC(=O)C2Oc2ccccc21 Pocket2Mol 6GVZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49557 O=c1[nH]c2ccccc2c2ccccc12 Pocket2Mol 6GVZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49558 CCCN(CO)C(OCC)c1ccccc1 Pocket2Mol 6GVZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49559 CCCN(C(=O)O)C(OCC)c1ccccc1 Pocket2Mol 6GVZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49560 CCCN(C)C(OCC)c1ccccc1 Pocket2Mol 6GVZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

49546 to 49560 of 73725 items. Total 4915 pages.