DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49591 Cc1c[nH]c(C(=O)O)n1 Pocket2Mol 4KZ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49592 Cc1cc2c3c(c1)OC1CCOC4C(=C(C2)c2ncc(O)c5ncc(O)c4c25)C31 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49593 O=C1C=c2c3c4c5c(c(CO)c2=O)OC=CC=5N=C(O)C4C=C3C1=O Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49594 CC1=NC=C(C2=CC=C3C(=O)C4=NC=CCC4=CC32)C1 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49595 COc1ccc2c(c1)-c1nc3c4c(O)ncnc4nc4c3c3c(ccc(c13)C2=O)CN4 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49596 O=C1CC2OCc3c(O)ccc4c3C2C2=C(C4)c3ncc(O)c4ncc(O)c(c34)C2O1 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49597 COc1cc2cncc3c2c2c1OCc1ccc4[nH]c(=O)c5c(c4c1-2)=C3C(=O)C=5 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49598 COc1ccc2c(c1)c1nc3c(cnc4ncc(O)c(O)c43)c3ccc4c(=O)[nH]nc2c4c31 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49599 COc1ccc2c(c1)c1nc3c4c(O)ccnc4nc4ncc5cc6cccc2c6c1c5c43 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49600 COc1cc(O)c2c(c1)-c1cc3c4cccnc4nc4ncc5ccc(c1c5c43)C2=O Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49601 COc1cc2cncc3c2c2c1OCc1ccc4c(=O)c(=O)c5cc(=O)c-3c-5c4c1-2 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49602 COc1ccc2c(c1)-c1nc3c4cccnc4ncc3c3cccc(c13)C2=O Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49603 O=c1c2cc(O)ccc2nc2c3c4c(ccc3ccn12)Cn1nccc1CO4 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49604 COc1cc2cncc3c2c2c1oc1ccc(O)c4cc5[nH]c(=O)c6cc(=O)c3c6c5c-2c14 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49605 Oc1cc2c3c(c1)C1=C4C(OCCC5CC(C=CC2)C3C45)c2c(O)cnc3c(O)cnc1c23 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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