DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49651 O=C1CC2CC(CO)C=C3C4=C5C(=CC=NC5CC4)C4=CC=C1C4C32 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49652 COc1ccc2c(c1)-c1c3c4c5c(ncnc5nc5ncc6ccc(c1c6c54)C2=O)NC3 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49653 COc1cc2cnc3c4c2c2c5c(c(=O)oc12)Cc1c(O)cc2c(c1-5)=C4C(C=N3)C=2 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49654 COc1ccc2c(c1)c1nc3c(cnc4ncc(OC)c(O)c43)c3ccc4c(=O)cc2c4c31 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49655 O=C1CC2=C3Oc4c(ccc(O)c4C2)CNCc2cc4c5c(cncc5c2)C=C1N34 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49656 COc1ccc2c(c1)-c1nc3c4c(O)ccnc4nc4ncc5ccc(c1c5c43)C2=O Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49657 COc1ccc2c(c1)c1nc3c(cnc4ncc(C)c(O)c43)c3ccc4c(O)cnc2c4c31 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49658 Nc1cc2c3c(c1)CC1CCOC4C(=C(C2)c2ncc(O)c5ncc(O)c4c25)C31 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49659 COc1ccc2c(c1)c1cc3c4c(O)ccnc4nc4c3c3c(cc5ccnc2c5c13)CN4 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49660 COc1cc2cnc3c4c2c2c1OCC1=C2c2c(c(O)cc5c2=C4C(C=5)C(O)=C3)C1=O Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49661 Cc1cc2nc3c1C=C(O)C1=NC=CC(CCN(C)Cc4c(C)cc(N)nc4-2)N13 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49662 CC(=O)N1Cc2cc3c4c(cncc4c2)C=C2C(=O)C(=O)C4=C(Oc5c(cccc5O4)C1)N23 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49663 O=C(O)C1=C2C(=NC1)C(=O)c1cccc3c1C2CC3 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49664 COc1ccc2c(c1)-c1cc3c4ccc(N)nc4nc4ncc5ccc(c1c5c43)C2=O Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49665 COc1cccc2c1C(=O)c1ccnc3c(C)cnc-2c13 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

49651 to 49665 of 73725 items. Total 4915 pages.