DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49666 CC1Cc2c(O)cc3c4c2N(Cc2cccc(c2-4)C(=O)C3)C1=O Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49667 NC(=O)c1ccc2c(c1)CC(O)=C(N)C2 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49668 COc1ccc2c(c1)c1nc3c4c(O)ccnc4nc4ncc5cc6ccnc2c6c1c5c43 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49669 Oc1cnc2c(O)cnc3c2c1C1OCCCC2C1=C3Cc1ccccc12 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49670 O=C(O)c1ccc2c3c(O)scc3c3nccc4ccc1c2c43 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49671 Cn1c(=O)c2cccc3c2c2c4c(ccc21)-c1c(cccc1OC1OCCO1)NC4C3 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49672 COc1cc2cnc3c4c2c2c5c(c(=O)oc12)Cc1c(O)cc2c(c1-5)=C4C(C=2)C(O)=C3 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49673 Cc1ccc(O)c2c1Nc1c(C)ccc3c1c-2cc1ccncc13 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49674 COc1cc2cnc3c4c5c(cc6c=5c5c(ccc7oc1c(c24)c75)C(=O)C6)=CC3 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49675 CC1(C)C2=C3c4c1ccc1cccc(c41)C1=CC=C4C(=O)CC(CC2)C3C41 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49676 COc1ccc2c(c1)-c1cc3c4cccnc4nc4ncc5ccc(c1c5c43)C2=O Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49677 COc1cc2cnc3c4c2c2c(coc12)-c1cc(O)cc2c1=C4C(C=2)C(O)=N3 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49678 CC(=O)N1Cc2cc3c4c(cncc4c2)C=C2C(=O)C(=O)C4=C(Oc5c(cccc5C1)C4)N23 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49679 Cn1c2cccc3oc4ccccc4c4cncc1c4c32 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49680 COc1cc(O)c2c(c1)-c1nc3c4c(O)ccnc4nc4ncc5ccc(c1c5c43)C2=O Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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