DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49621 COc1ccc2c(c1O)-c1cc3c(c4ccc(C(=O)O)c(c14)O2)C(=O)N=C3 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49622 COc1ccnc2c1-c1ccc3c4c(cc5nc6ncccc6n53)CCC(c14)N2C Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49623 COc1cc2cncc3c2c2c1oc1ccc(O)c4nc5c(c-2c14)c1c(cc(=O)c31)C(=O)C5 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49624 COc1cc2cncc3c2c2c1OCc1ccc4c(c1-2)C1=C3C(=O)C=C1CC4 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49625 O=C(O)c1ccc2c3c(c4nccc5ccc1c2c54)=CCC=3O Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49626 c1ccc2c(c1)c1cncc3cc4c5c6c(nccc6cc2c5c31)NC4 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49627 C1=NC=c2c=1c1cccc3cc4c5c6c(nccc6cc2c5c31)NC4 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49628 Cc1cc2c(O)cc3c4c2n(c1=O)Cc1cccc(c1-4)C(=O)C3 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49629 O=C1N=CN2NC3=C4C5=C(CCCC5CC3)C(=O)C3=CC=C1C3C42 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49630 COc1ccc2c(c1O)-c1cc3c(c4ccc(C(=O)O)c(c14)N2)C(=O)N=C3 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49631 COc1cc(O)c2c(c1)-c1cc3c4c(O)ccnc4nc4ncc5ccc(c1c5c43)C2=O Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49632 O=C1CC2=C3Oc4c(cccc4C2)CNCc2cc4c5c(cncc5c2)C=C1N34 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49633 COc1cc2cncc3c2c2c1OCc1ccc4c(c1-2)C1=C3C(=O)C=C1C(=O)C4 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49634 COc1cccc2c1-c1ccc3c4c(c(F)c5c(c14)N2N=CC5)NC(=O)N3C Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49635 COc1cc2cnc3c4c2c(c1O)-c1nncc2[nH]c(=O)c5c(c12)=C4C(C=5)C(=O)N3 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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