DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49561 COc1ccc2cc3c(c(O)c2c1)CC(NCc1cnc(C)nc1N)(C(N)=O)CO3 Pocket2Mol 5J7W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49562 COc1ccc2cc3c(c(O)c2c1)CC(NC(=O)c1ccc(O)c(O)c1)(C(N)=O)CO3 Pocket2Mol 5J7W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49563 COc1ccc2cc3c(c(O)c2c1)CC(Nc1ncnc2nc(C)ncc12)(C(=O)O)CO3 Pocket2Mol 5J7W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49564 COc1ccc2cc3c(c(O)c2c1)CC(NCc1cnc(=O)[nH]c1)(C(=O)O)CO3 Pocket2Mol 5J7W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49565 O=c1cccc(O)[nH]1 Pocket2Mol 4YX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49566 NS(=O)(=O)N1CCCC1 Pocket2Mol 4YX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49567 Cc1ccc(=O)[nH]c1O Pocket2Mol 4YX4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49568 Nc1ncccn1 Pocket2Mol 4YX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49569 C=CC1=N[C@@H](N)N=C2N=CC(C=C(C)CC=CC)=C12 Pocket2Mol 5J6N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49570 CC=c1c2c3c(c(=O)c4occ(CC)c4c1=N)C=NC3=N[C@H](N)N=2 Pocket2Mol 5J6N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49571 CC=c1c2c3c(c(=O)c4cnc5c=4c1=N[C@@H](N)N=5)CCC3=C(C)NN=2 Pocket2Mol 5J6N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49572 NC1=Nc2ncnc3c2C1C(CO)=CC3=O Pocket2Mol 5J6N ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49573 Cc1ccc(O)c(CNCC(=O)O)c1-c1cc(CCO)cc(C(N)=O)c1 Pocket2Mol 6G98 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49574 COC(O)CNCc1cccc(C)c1-c1cc(CCO)cc(C(N)=O)c1 Pocket2Mol 6G98 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49575 CC1=CCN(Cc2cccc(C)c2-c2cc(CCO)cc(C(N)=O)c2)C=C1 Pocket2Mol 6G98 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

49561 to 49575 of 73725 items. Total 4915 pages.