DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49516 CN1C(=O)c2cc3c(c(=O)c(N)c2C1O)c1ccccc1n3C Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49517 Cn1c2c3c4c(nc5ncnc6c(=O)nc1n4c56)NC1CNC(=O)C(CC=2)C31 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49518 Oc1cc2c(c3c1OC1CC=C4C=Nc5cnc(nc5N41)NCO3)CN=CC2 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49519 CN1C(=O)C(C(O)CCN)=CN2c3c(N)ncnc3C=CC12 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49520 O=C1N=C2N=CC3C=C4C(=O)Cc5cccc6c5N4C3=C2C(=N1)N6 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49521 CC(N)C(O)C1=CN2C3=C(C=CCN3C1=O)Cc1ncncc12 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49522 Cc1c(N)nc(=O)n2c(C)c3n(c12)C1OC(CO)C(O)NC1=NC3 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49523 NC(=O)NC1Nc2ncc3ccn4c3c2C1N=C1CC=CC=C14 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49524 NCCC(O)C1=C2C=NC3=NCN4C=CC=C5C6=CCCN(C1=O)C6N2C3=C54 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49525 NC(=O)NC1Nc2ncc3ccn4c3c2C1N=C1C=CCC=C14 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49526 CC1=CC=C2N=C3N(C)C4=Cc5nccn5C(O)C4=CN3C3=C2N1CN=C3 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49527 CNC1CC=C2C(=C3C=Nc4ncnc5c4N3C3C(=CCN23)C5)C1O Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49528 CN1C=CC2=NC3C=CC=CC3=NN2C1=O Pocket2Mol 6DAR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49529 Cn1ccc(=Nc2ccccc2)[nH]c1=O Pocket2Mol 6DAR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49530 COC1=NC=NC(=Nc2ccncn2)C1 Pocket2Mol 6DAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

49516 to 49530 of 73725 items. Total 4915 pages.