DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49471 CCNC(O)C1=CN2C(=NC3=CC=CN4CN=CC2=C34)N(C)C1=O Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49472 CCC1CN/N=N/NCc2c3n(c4cccnc24)CNCc2cnc1nc2-3 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49473 COC1NCC2c3c(c(=O)cc4ccccn34)CNC12 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49474 Cn1c(=O)c(C(O)CCO)c2n3c4c(ncnc4c(=O)nc13)NC2O Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49475 NC(=O)NC1Cc2ncc3ccn4c3c2C1N=C1C=C=CC=C14 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49476 CN1CC(C(O)C(O)CO)=Cn2c1nc(=O)c1ncncc12 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49477 Cc1c2n(c3c(c1=O)CNC1C(C=O)NCC31)CCCCC2 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49478 Cn1c(=O)c(CCCO)c2n3c4c(ncnc4c(=O)nc13)NC2O Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49479 N=C1N=C2Oc3cccc4c3N3C(=CC5C=NC(N1)C2=C53)C(=O)N4 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49480 Oc1ccc2c3c1OC1CC=C4C=Nc5cnc(nc5N41)NC(O3)C(O)NC2 Pocket2Mol 2V3R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49481 CN1C(=O)C(C(O)CCN)=CN2C1=CCc1ncnc(N)c12 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49482 CN1C(=O)C(C(O)CCO)=C2CNc3ncnc4c3N2C1=CC4 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49483 CC=CC1=C(C)C=CC(=C(CN)C2=NC(=O)C3=NCC=C(C(N)=O)C3=C2)N1 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49484 Cn1c2c(c3c(=O)[nH]c4ncnc5c(=O)nc1n3c45)CC(C(N)=O)=CC=2 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49485 CC1=C2Cc3ncnc4c3N3C(=C5C6=C(COC(=C1)N6C23)CC(N)C5O)C=N4 Pocket2Mol 2V3R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

49471 to 49485 of 73725 items. Total 4915 pages.