Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
49501	CC(=O)N1C(=O)N2C3CCC(=O)c4ccnc(c43)N3CCC4(O)CCC1C4C32	Pocket2Mol	2V3R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
49502	CC1=CN2C3=C(c4cnc5n4C(C(=O)N5)C2CO)C(N)N=C(C)N13	Pocket2Mol	2V3R	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
49503	O=C1N=CC=C2NC3=NC4=CC=CN5CN=CC(=C45)N3C=C12	Pocket2Mol	2V3R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
49504	CNC(=O)C1=C2C(=O)NC3=NCN4C=CC5C4=C3N2c2c5ccc(=O)n2C1	Pocket2Mol	2V3R	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
49505	CN1C2=CCC(C(N)=O)CC2=C2C(O)Nc3ncnc4c(=O)nc1n2c34	Pocket2Mol	2V3R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
49506	Nc1c2c(nc3ccccc13)C(O)C1C(N)CC(O)CN1C2=O	Pocket2Mol	2V3R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
49507	CN1C(=O)C2=C3C(COC2CCO)Nc2ncnc4c2N3C1=NC4O	Pocket2Mol	2V3R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
49508	N=C1N=C2Oc3cccc4c3N3C(=CC5C=NC(N1)C2=C53)C(=O)C4	Pocket2Mol	2V3R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
49509	CC1=CC=C2N=C3N(C)C4=NC(=O)N(C)C(O)C4=CN3C3=C2N1CN=C3	Pocket2Mol	2V3R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
49510	CN1C(=O)C(C(O)CCO)=C2CNc3ncnc4c3N2C1=NC4O	Pocket2Mol	2V3R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
49511	Nc1cc2c(=O)[nH]cc3c2c(n1)N1CCC(O)C2C4CCCC(=O)N4CN3C21	Pocket2Mol	2V3R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
49512	CCNC1(O)COc2cc3c(C)ccc(C(N)=O)c3nc2C1	Pocket2Mol	2V3R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
49513	CCN1C(=O)N=C2C(=CN3C(=NC4=CC=C(C)N5CN=CC3=C45)N2C)C1O	Pocket2Mol	2V3R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
49514	O=C1C2=Cn3c(nc(=O)c4ncncc43)NC2CCC1CO	Pocket2Mol	2V3R	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
49515	CC1=CC=C2c3ccc4n3C(=NC(=O)C4)C3=C4C(C=NC3=O)C=C1N24	Pocket2Mol	2V3R	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

49501 to 49515 of 73725 items. Total 4915 pages.