DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49606 COc1cc2cnc3c4c2c(c1O)-c1nncc2ccc5c(c12)=C4C(C=5)C(=O)N3 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49607 NC1N=C(O)c2c(cc3c4c(cccc24)N2N=CCc4cccc-3c42)S1 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49608 Oc1cc2c3c(c1)C1=C4C(OCCC5CC(CNC2)C3C45)c2c(O)cnc3c(O)cnc1c23 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49609 COc1cc2cncc3c2c2c1oc1ccc(O)c4nc5[nH]c(=O)c6cc(=O)c3c6c5c-2c14 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49610 COC(=O)Oc1cccc2c1-c1ccc3c4c1C(Cc1cccc(c(=O)n3C)c14)N2 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49611 O=C1Cc2ccc3c(c2C=N1)C=CCC3=O Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49612 O=C1C2=C3C(OCCC4OCc5c(O)ccc1c5C34)c1c(O)cnc3c(O)cnc2c13 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49613 CCCCc1c(N)ncc2c1nc1c3c(c(O)ccc32)Cc2c(O)cc(OC)cc2-1 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49614 COc1cc2cnc3c4c2c2c1OCN=C2c1c[nH]c(=O)c2c1=C4C(C=2)C(=O)N3 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49615 O=C1C(=O)C2=C3Oc4c(cccc4O2)CN(C(=O)O)Cc2cc4c5c(cncc5c2)C=C1N34 Pocket2Mol 4AZF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49616 CCN1Cc2cccc3c2OC2=C(O3)C(=O)C(=O)C3=Cc4cncc5c4=C(N32)S2=C1NCC=52 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49617 COc1ccc2c(c1)c1nc3c4c(O)ccnc4nc4c3c3c(cc5ccnc2c5c13)CN4 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49618 O=C1CC2=C=CC3=C4C2=C1Cc1cc(O)cc2c1=C4C(C=2)C(O)=N3 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49619 Cc1ncc2c3c1CN=C1C=C4C=CC5=C(C6C(=CN=C26)C(=O)C5)N4N13 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49620 COc1ccc2c(c1)c1nc3c4c(O)ccnc4nc4c3c3c(cc5cnnc2c5c13)CN4 Pocket2Mol 4AZF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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