DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
50776 COc1ccc2c(c1)N(c1ccc3nc4n(c(=O)c3c1)C(CC(O)C(=O)O)CC4)CCC2 Pocket2Mol 6M8Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50777 CNc1cc(-c2ccc(C3C=CN(c4c(O)ccc5ccccc45)C3=O)cc2OC)ccn1 Pocket2Mol 6M8Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50778 Cc1c2c(cc(=O)n1C)-c1ccc(C3C=CN(c4c(O)cnc5ccccc45)C3=O)cc1OC2 Pocket2Mol 6M8Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50779 O=C1C=C=CC=C1 Pocket2Mol 6M8Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50780 Nc1nc(N)c2c(n1)CC(c1cccnc1)=N2 Pocket2Mol 5CAP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50781 Cn1c(-c2cccnc2)nc2c(N)nc(N)nc21 Pocket2Mol 5CAP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50782 Nc1nc(N)c2nc3c(=NO)c(N)ccc-3[nH]c2n1 Pocket2Mol 5CAP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50783 Oc1sccc1C1=CC(c2ccn[nH]2)=NC1 Pocket2Mol 5CAP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50784 O=C(NCCO)c1cc(C(=O)NCC2CCCN2)cc(-c2ccccc2)c1 Pocket2Mol 4U5N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50785 O=C1CC2Cc3ccc(C(=O)NCC4CCCN4)cc3C(C1)C2 Pocket2Mol 4U5N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50786 O=C(O)c1cc(C(=O)NCC2CCCN2)cc(-c2cccc(O)c2O)c1 Pocket2Mol 4U5N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50787 Cc1ccc(O)c(O)c1-c1cc(C(=O)O)cc(C(=O)NCC2CCCN2)c1 Pocket2Mol 4U5N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50788 O=C1CN2CCC(=O)OC2CN1 Pocket2Mol 4U5N ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50789 c1ccc2ccccc2c1 Pocket2Mol 5NVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50790 CCCOc1ccc2nc3c(F)c(F)ccc3nc2c1 Pocket2Mol 5NVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

50776 to 50790 of 73725 items. Total 4915 pages.