Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
50791	Fc1ccc2nc3cc(OC4CCCC4)ccc3nc2c1F	Pocket2Mol	5NVW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
50792	O=C(O)c1cccc(F)c1	Pocket2Mol	5NVW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
50793	C=C(c1ccc(C(C)CC(=O)O)cc1)S(N)(=O)=O	Pocket2Mol	6FAG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
50794	CN1c2cccc(NO)c2CC(O)S1(=O)=O	Pocket2Mol	6FAG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
50795	CN1c2cccc([N+](=O)[O-])c2CC(O)S1(=O)=O	Pocket2Mol	6FAG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
50796	C=C(c1ccc(NC(=O)CNC)cc1)S(=O)(=O)O	Pocket2Mol	6FAG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
50797	CC(C)CNC(=O)Cc1ccccc1S(=O)(=O)O	Pocket2Mol	6FAG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
50798	C=C(c1ccc(NC(C)=O)cc1)S(=O)(=O)O	Pocket2Mol	6FAG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
50799	COC1=C2C(CC(F)(F)F)c3cc4c5n(cc6c(c3-5)N2C2C(=C1)COC1CC(C)C6N12)C=C(F)O4	Pocket2Mol	6RFW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
50800	Cc1cc2c(=O)n(C)c(OC3CCCCC3)nc2n(Cc2ccccc2)c1=O	Pocket2Mol	6RFW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
50801	OC1=C2C(CC(F)(F)F)c3cc4c5n(cc6c(c3-5)N2C2C(COC3C(O)CC6N32)C1)C=C(F)O4	Pocket2Mol	6RFW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
50802	CC1(C)CC2c3cn4c5c(cc6c-5c3N3C(=C(O)C=C5COC1N2C53)C6CC(F)(F)F)OC(F)=C4	Pocket2Mol	6RFW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
50803	OC1=C2COC3C(O)CC4c5cn6c7c(cc8c-7c5N(C(=C1O)C8CC(F)(F)F)C2N43)OC(F)=C6	Pocket2Mol	6RFW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
50804	CCn1c(OC2CCCOC2)nc2c(cc(C)c(=O)n2CC)c1=O	Pocket2Mol	6RFW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
50805	COc1cc2c3c4c(c(=O)[nH]c3c1)=CC(=O)C1=C(N)N=C(C=2)C14	Pocket2Mol	4O3F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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