DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
51481 CC(O)=C(O)c1ccc2cc3ccnc4[nH]c5ncc(-c6ccc(F)cc6O)c6[nH]c1c2c(c34)-c56 Pocket2Mol 6O94 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51482 Fc1cccc(-c2cnc3[nH]c4cccc5cc6cc7ccccc7c7[nH]c2c3-c(c54)c67)c1 Pocket2Mol 6O94 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51483 N=C(N)c1ccc2cc(-c3cc(Cc4ccccc4)ccc3F)ncc2c1 Pocket2Mol 4JZI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51484 N=C(N)c1ccc2cc(-c3cccc(Cc4ccccc4)c3)ncc2c1 Pocket2Mol 4JZI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51485 CNCC1Cc2cc(-c3cc4ccc(C(=N)N)cc4cn3)ccc2CN1C Pocket2Mol 4JZI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51486 N=C(N)c1ccc2cc(-c3ccc4c(c3)Cc3ccccc3C4)ncc2c1 Pocket2Mol 4JZI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51487 N=C(N)c1ccc2cc(-c3cccc(Cc4ccc(F)cc4)c3)ncc2c1 Pocket2Mol 4JZI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51488 COc1ccc2nc3ccc(C(=N)N)c(N)c3cc2c1 Pocket2Mol 4JZI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51489 O=C(O)CNC(=O)N1C=Cc2ccccc2C1 Pocket2Mol 5G5F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51490 O=C(O)CNC(=O)N1CCc2ccccc2C1 Pocket2Mol 5G5F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51491 CC1C=C2C(N)=NCN(C(=O)NC(C)(C)C)C2O1 Pocket2Mol 5G5F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51492 c1ccc(-c2ccccn2)cc1 Pocket2Mol 5G5F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51493 c1ccc2c(c1)ncc1cc[nH]c12 Pocket2Mol 5T8P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51494 Cc1ccc2c(c1)C(C)C(=O)N2C Pocket2Mol 5T8P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51495 Cc1ccc2cc(C(N)=O)ccn12 Pocket2Mol 5T8P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

51481 to 51495 of 73725 items. Total 4915 pages.