DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
51541 Cc1cccc2c1-c1cc3c4c(c1=N2)=CC(=O)C(O)=C4C1C=Nc2ccnc-3c21 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51542 Nc1cc2c3c(n1)N=C1C(C4=Nc5ccncc5C4)=CC(=O)C(O)=C1C3C=N2 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51543 OC1=C2C(=Nc3ncnc4c3C2C=N4)C(C2=NC3=CC=NCC3=C2O)=CC1 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51544 CCN1OC(C2=CCC(O)=C3C2=NC(N)=C2C(=O)N=CC32)=NC1C Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51545 CN1C(=O)C=C(c2cc(O)cc(-c3ccc(O)cc3O)c2)CC1=O Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51546 Cc1cc2c3c4c(c(N5C=CC(O)C5=O)cnc14)CC(=O)N3C1=CCCN1C2=O Pocket2Mol 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51547 COC1=C=C(O)C(C2=C(O)CC(O)=C3C2=Nc2ncnc4c2C3C=N4)=N1 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51548 Nc1cc2c(c3c1CN=CC=3)=C(O)C(=O)N=C2C(=O)O Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51549 O=c1cc2c3c(oc4c5c(nc42)=CC=NC5O)-c2ncnc4c2C(C=N4)c3c1O Pocket2Mol 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51550 CN1C(=O)C2=c3c(c(N)cc4c3=C(C=C=C4C(=O)OC3CCOCC3)OC2)C1=O Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51551 Cc1cc2c(O)ccnn3c(=O)n4c5c(cnc1c5c2-3)N=C(CCO)C4C Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51552 Cc1cc(C=O)cc[n+]1[O-] Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51553 Nc1cc2c3c(n1)N=C1C(C4=Nc5ccncc5C4)=C(O)CC(O)=C1C3C=N2 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51554 OC1=C2C(=Nc3nccc4c3C2C=N4)C(C2=NC3=CC=NCC3=C2O)=CC1 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51555 O=CC=C1C[C@@H]2CC3=C4C(=CC(=O)C(O)=C4[C@@H]4C=Nc5ccnc3c54)C2=N1 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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