DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
51586 O=c1ncc2cccc3c2n1C(O)C=C3 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51587 CN1C(=O)C2=NOC3=C4C(=CC(N)=C(C1=O)C24)C(C(=O)O)=CC3=O Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51588 CN1C=c2c(c(N)nc3c2=CC(N)C2=NN=C(N)C23)C1=O Pocket2Mol 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51589 O=C1NNC2C(=O)N(CO)C3=NC=NCC3=C12 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51590 NC(=O)C1=C(N)N=C2C(=C(O)C=CC2C(=O)O)C1=O Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51591 Nc1nc2c3c(oc(=O)c4c3c1C(=O)N=C4)CC=C2c1nc2ccccc2[nH]1 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51592 Cc1nccc2c1CC(C1=CCC(O)=C3C1=Nc1nccc4c1C3C=N4)=N2 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51593 O=CC=c1cc2oc3c4c(c(O)c(=O)cc4c2n1)[C@@H]1C=Nc2ccnc-3c21 Pocket2Mol 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51594 O=C1C=c2c3c(cc4c2=Nc2ccncc2-4)-c2nccc4c2C(C=N4)C3=C1O Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51595 Nc1nc2c3c(n1)-c1cc4c(c5c1C(=C(O)C(=O)C=5)C3C=N2)=Nc1ccncc1-4 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51596 OC1=C2C(=Nc3nccc4c3C2C=N4)C(C2=Nc3ccncc3C2)=CC1 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51597 Cc1cccc2c1-c1cc3c4c(c1=N2)=CC(=O)C(O)=C4C1C=Nc2ncnc-3c21 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51598 O=C1C=c2c3c(cc4c2=Nc2ccncc2-4)-c2ncnc4c2C(C=N4)C3=C1O Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51599 Cn1nc(C2=CCC3=C4C2=NC(N)=C2C(=O)NCC(=NO3)C24)cc1CO Pocket2Mol 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51600 Cc1cccc2c(=O)[nH]c(=O)[nH]c12 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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