DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
51616 O=c1ncc2ccnc3c2n1C(O)CC3 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51617 Cc1cc2c(=O)[nH]c(=O)n3c(=O)[nH]c4c(-n5cc(F)c(CO)c5)cnc1c4c23 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51618 Cn1c(=O)ccc2c(=O)[nH]c(=O)[nH]c21 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51619 Cc1cc2c3c4c(c(N5C=CC(O)C5=O)cnc14)NC(=O)N3CNC2=O Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51620 Nc1cc2c(c3c1CN=CC=3)=C(O)C(=O)C=C2C(=O)O Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51621 O=c1ncc2ccnc3c2n1C(O)C=C3 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51622 O=C1Nc2ccnc3ncc4c(c23)N1CC1C=CC(O)C(=O)N41 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51623 Nc1cc2c(c3c1CN=CC=3)=C(O)C=C=C2C(=O)O Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51624 CC[C@H]1C(=O)NC2=C3C(=C(O)C=C[C@@H]31)C(=O)C(C(=O)N=C(C)C)=C2N Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51625 COc1cc2c(c(N)n1)C(=O)C(N)C(O)=C2C Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51626 CN1C=c2c(c(N)cc3c2=C(O)C=C=C3C(=O)O)C1=O Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51627 O=c1cc2c3c(oc4c5c(nc42)=CC=NC5O)-c2nccc4c2C(C=N4)c3c1O Pocket2Mol 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51628 CC(C)=NC(=O)C1=C(N)C2=C3C(=C(O)C[C@H]4NCC[C@@H](C(=O)N2)C34)C1=O Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51629 NC1=NC=C2C1CC=C1COc3cc(C(=O)O)c(N)cc3OC12 Pocket2Mol 4ZB8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51630 O=C(O)c1ccc2c(c1)OCCC(c1ccccc1F)O2 Pocket2Mol 4ZB8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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