DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
51631 O=C(O)c1ccc2c(c1)OCC1CCC3C=CC=C3C1O2 Pocket2Mol 4ZB8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51632 CCCN=C(c1ccc(O)o1)c1nc2ccccc2n(C)c1=O Pocket2Mol 4ZB8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51633 Nc1cc2c(cc1C(=O)O)OCC1=CCc3ccncc3C1O2 Pocket2Mol 4ZB8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51634 CCC(=O)O Pocket2Mol 4ZB8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51635 CCCC1CC2C(=O)c3ccccc3C=C2c2cc(O)ccc21 Pocket2Mol 6UDI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51636 CCC1C=C2C(=O)c3ccccc3C=C2c2c(F)ccc(OC)c21 Pocket2Mol 6UDI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51637 CCCC1CC2C(=O)c3ccccc3C=C2c2cc(O)cc(O)c21 Pocket2Mol 6UDI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51638 Cc1ccc2c(c1C)C(C)C1=CC(=O)c3cc(O)ccc3C1=C2 Pocket2Mol 6UDI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51639 CC(=C1CC[C@@H]2NC[C@H](O)C[C@@]2(O)C(=O)C1)c1nnc2c3c4c(ncc1-2)-c1nc(C)cc2c1[C@@H](C=C1C=C(C(=O)O)CCN12)OC=4CC=3C Pocket2Mol 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51640 CC1(C(=O)O)NC(=O)c2cc3ccccc3cc2C1=O Pocket2Mol 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51641 O=C1NCCC2=CN=CC12 Pocket2Mol 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51642 CC(=C1CCC2=C(CC1)[C@@H](O)[C@@H](O)CN2)c1nnc2c3cccc4c3c(ncc1-2)-c1nc(C)cc2c1[C@H]4c1cccc3c1N2CCC3=CO Pocket2Mol 4QLK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51643 CC1=c2c3c([nH]c4nc5c6ccccc6c(-c6cc(N7Cc8cccc9c8C7CCO9)cc(C)n6)nc(c5c24)C1)CC1NCC(O)CC1C3 Pocket2Mol 4QLK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51644 CC(=C1CC[C@@H]2NC[C@@H](O)C[C@@]2(O)C(=O)C1)c1nnc2c3c4c(ncc1-2)-c1nc(C)cc2c1[C@@H](C=C1C=C(C=CO)CCN12)OC=4CC=3C Pocket2Mol 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51645 Cc1cc(N2CCc3ccsc3C2=O)cc(-c2nc3[nH]cc4c(c5nnc(c6c(O)cccc26)-c35)=C2C=NC(NCCC(=O)O)=CC2CC4)n1 Pocket2Mol 4QLK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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