DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
51646 CC1=c2cccc3c2=C2C(=CC=C4OCC(O)C5C(=O)NCN(C)C(=O)C3N5C42)C1 Pocket2Mol 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51647 NC(=O)C1=C=CN=C1 Pocket2Mol 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51648 Cc1ccc2c3c(cccc13)C(O)C1CC=CCN21 Pocket2Mol 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51649 C=Cc1cc2c3c(c1)N=C(c1cc4c5c(nccc5n1)N=C=C4)CC1=CC=CC(C2)C13 Pocket2Mol 4QLK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51650 CC(=C1CCC2=C(CC1)NCC(O)=C2)c1nnc2c3ccccc3c(-c3cc(N4CCc5c(O)ccc(C)c5C4)cc(C)n3)ncc1-2 Pocket2Mol 4QLK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51651 COC1=C2CNC(=O)NC(O)/C(O)=C/N3CC/C(=C/2C(=O)N1CCc1nc2cncc4cc5c6c(ccc1c6c42)-c1ccccc1O5)O3 Pocket2Mol 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51652 NC(=O)c1cccc(-c2ccccc2)c1 Pocket2Mol 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51653 CCC1=Cc2nc3nccc(C4=NS(=O)(=O)C=N4)c3nc2CC1=O Pocket2Mol 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51654 O=C(O)C1CCN2Cc3ccccc3-c3c(O)ccc1c32 Pocket2Mol 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51655 O=C1NC(C(=O)O)c2cccc3cccc1c23 Pocket2Mol 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51656 Cc1ccc2c3c(cccc13)C(=O)N1CCCCC21 Pocket2Mol 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51657 Cc1cc(N2Cc3cccc(O)c3C2)cc(C2=NC3=C4C(=NC5NC6=C(CC7CNC(=O)NC7C6)C(=CC3)C45)c3ccccc32)n1 Pocket2Mol 4QLK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51658 Cc1cc(N2CCc3ccccc3C2=O)c2oc3c(O)cc(O)c4c5nnc6c5c(nc(c2n1)c34)CC=C1C6=C2C=NC(NO)=CC2CC1O Pocket2Mol 4QLK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51659 Cc1cc(N2CCc3ccccc3C2=O)cc(-c2nc3c4c(nnc-4c4c(O)cccc24)C2=C4C=NC(NC(=O)CN)=CC4CCC2=CC3)n1 Pocket2Mol 4QLK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51660 CC(=C1CCC2=C(CC1)[C@@H](O)[C@@H](O)CN2)c1nnc2c3cccc4c3c(ncc1-2)-c1nc(C)nc2c1[C@H]4c1cccc3c1N2CCC3=CO Pocket2Mol 4QLK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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