Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
51661	CC(=C1CCC2=C(CC1)NCC(O)=C2)c1nnc2c3ccccc3c(-c3cc(N4CCc5c(O)cccc5C4)cc(C)n3)ncc1-2	Pocket2Mol	4QLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51662	Cc1cc(N2CCc3ccccc3C2=O)cc(-c2nc3c4c(nnc-4c4c(O)cccc24)C2=C4C=NC(CC(=O)O)=CC4N=C(O)C2=CC3)n1	Pocket2Mol	4QLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51663	C1=NC2=CN=C3NCCNC3C2=N1	Pocket2Mol	4QLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51664	Cc1nc(-c2nc3c4c(nnc-4c4ccccc24)C2=NC(=O)C=C2CN3)cc2c1CC=C1C3CCCC4=C3C(CC=C4)N12	Pocket2Mol	4QLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51665	C1=CC2=CC=CC2C=C1	Pocket2Mol	4QLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51666	Cc1cc(N2CCC(C(=O)O)=CC2=O)cc(-c2nc3[nH]cc4c(c5nnc(c6c(O)cccc26)-c35)=C2CNC3NC(=O)CCC3C2CC4)n1	Pocket2Mol	4QLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51667	O=C1CC2CCC1N1C(=O)c3ccccc3NC1C2	Pocket2Mol	4QLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51668	CC=c1cccc2c1=CC=CN2	Pocket2Mol	4QLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51669	O=C(NO)C1(O)CCCCN1	Pocket2Mol	4QLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51670	CC(=C1CCC2=C(CC1)[C@@H](O)CCN2)c1nnc2c3cccc4c5ncc6n(c7cc(C)nc(c(ncc1-2)c34)c57)CCc1c(O)cccc1-6	Pocket2Mol	4QLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51671	CCC1=C2CC3=CCc4c(cc(-c5nc6c7c(nnc-7c7ccccc57)C5=NC(=O)C=C5CN6)nc4C)N3C2CC=C1	Pocket2Mol	4QLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51672	O=C1Cc2ccc(F)cc2C(=O)N1	Pocket2Mol	4QLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51673	CC1C(=O)N(C)CCC2Cc3cc(O)ccc3C(=O)N21	Pocket2Mol	4QLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51674	Cc1cc(N2CCc3ccsc3C2=O)cc(-c2nc3[nH]cc4c(c5nnc(c6c(O)cccc26)-c35)=C2C=NC(NCCC(O)O)=CC2CC4)n1	Pocket2Mol	4QLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51675	Cc1cc(N2CCc3ccccc3C2=O)cc(-c2nc3c4c(nnc-4c4c(O)cccc24)C2=C4C=NC(CC(=O)O)=CC4CC(O)C2=CC3)n1	Pocket2Mol	4QLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

51661 to 51675 of 73725 items. Total 4915 pages.